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随着现代经济的迅猛发展,工业生产过程中排放的废气和废水对环境造成极大的污染。在短期内能源结构无法改变的情况下,如何对工业产生的废气、废水进行有效的处理,是个亟待解决的问题。与传统的物理、化学脱硫方法相比,生物脱硫法表现出了一系列的优势,因此成为近些年来研究脱硫技术的热点。作为兼性厌氧菌,脱氮硫杆菌能够在有氧和厌氧条件下,通过多种代谢途径氧化不用的硫化合物分子。其中由sox（硫氧化）基因簇编码的Sox蛋白质体系,是光能和非光能硫氧化细菌中最普遍存在的硫氧化代谢途径之一,它对微生物的正常生长代谢以及硫在自然界中的循环有重要意义。但是目前PDB数据库中尚没有脱氮硫杆菌的Sox蛋白。基于现代分子模拟技术,本研究利用同源建模法分别构建了Sox Y、Sox Z与Sox B蛋白的三维结构模型,并通过分子力学方法优化后得到稳定的结构。采用PROCHECK、ERRAT、VERIFY3D和PROSA四种方法进行评估,证明了所建Sox Y、Sox Z与Sox B蛋白质模型的三维结构是合理的。以天然蛋白质结构2OXG为模板,经二聚体模型搭建和分子力学优化得到了稳定的Sox YZ二聚体结构。蛋白质相互作用分析发现Sox Y和Sox Z亚基在形成二聚体时产生的疏水率为50.85%,界面处有12个短强氢键和1个Π键参与维持二聚体结构的稳定。界面处氨基酸残基作用能的分析揭示了两亚基的结合模式和重要残基,静电作用是促使二聚体结构形成的主要驱动力,其中Sox Z亚基的残基THR28、ARG31、LYS32、SER64、GLY65、VAL66、SER67对Sox Y亚基活性位点构象的稳定可能有重要作用。通过多序列比对,确定了脱氮硫杆菌Sox B蛋白的活性中心,用于指导蛋白质对接过程。经ZDOCK对接计算,RDOCK和分子力学优化后得到了稳定的Sox B-Y复合物。以2WDE为模板经分子力学优化过程构建了复合物Sox B-Y-S2O3-。蛋白质-蛋白质相互作用分析发现复合物Sox B-Y-S2O3-和二聚体Sox YZ在形成过程中产生的疏水相互作用大小相似。Sox B-Y-S2O3-相互作用界面处有11个短强氢键和2个盐键参与维持二聚体结构的稳定。静电相互作用分析发现Sox B蛋白活性中心处有6个氨基酸残基形成了新的正电势中心,与Sox Y蛋白以及底物小分子形成新的静电互补作用。界面处氨基酸残基作用能的分析揭示了两亚基的结合模式和重要残基,其中TRP206和ARG454虽未被定义为活性中心,但是对于稳定复合物Sox B-Y-S2O3-的构型可能有重要贡献。