本试验对45份红干椒品种资源进行了形态学、生理学、生化等多方面的综合研究，并采用系统聚类分析、相关分析等方法进行分析，结果表明： 1、45份红干椒品种资源通过形态学聚类分成了4大类群：第一类群为韩红厚肉香辣尖椒、辛香王子朝天椒、鲜8、韩3、帅齐辣椒、鲜3、韩4、可人辣椒、鲜2、鲜1、早熟泡椒、鲜4、鲜5、鲜7；第二类群为超女辣妹辣椒、韩1、红秀8号辣椒、湘辣二号辣椒、辛香一号辣椒、虎皮小尖辣椒、辛香二号辣椒、韩6、安椒303、辛香八号辣椒、辛香4号辣椒、百美千椒、黑马王子辣椒、辣丰404尖椒。第三类为天复辣椒、辛香王子朝天椒。第四类群为多佛辣椒、红财富辣椒、金宝塔辣椒、22号尖椒、吉利椒11号、韩2、辣家家、统一辣椒、新统一辣椒、金园绿霸羊角椒、科椒18号、福康五号尖椒、枫丹辣椒、九龙塔辣椒、寿光羊角黄辣椒。其中红丽厚肉尖椒、辛香八号辣椒、韩4为最佳红干椒品种。而科椒18号为最不适合的红干椒品种；其次是22号尖椒，寿光羊角黄辣椒由于果实太粗，也是不适合的红干椒品种。 2、供试的红干椒品种资源植株形态学指标与果实形态学指标相关性为：植株形态学指标与果实形态学指标多呈正相关。叶长与果肉厚、果长呈极显著正相关，与果粗呈显著正相关；叶型指数与果肉厚呈极显著正相关，叶型指数与果长呈显著正相关。 3、供试的红干椒品种资源植株形态学性状与生理指标之间相关性均未达到显著水平，但总体来看株高与辣椒红素含量、辣椒素含量、叶绿素含量呈正相关，与Vc含量呈负相关。 4、供试的红干椒品种资源果实形态学性状与生理指标之间相关性均未达到显著水平，但总体来看果肉厚与辣椒素含量、Vc含量呈正相关，与辣椒红素含量、叶绿素含量呈负相关。 5、形态学聚类与生理指标聚类的结果之间存在一定的差异：形态聚类主要体现在植株外部形态特征，而生理指标聚类主要体现在植株内在的特征，虽然他们之间有一定的相关性，但从传统辣椒分类角度上来看形态学聚类比生理指标聚类更有说服力。 6、形态学聚类与POD同工酶酶带条数之间存在着差异性，单从生化指标不能很好的反应品种间亲缘关系。 将形态学性状、生理指标、生化指标三者有机的结合在一起进行分析、研究，对亲缘关系研究、优良品种选育和农业生产有着深远的意义。