随着我国生态文明建设在全国范围内的实施,国家越来越重视农村的人居环境保护。但由于我国农村范围的广阔,农村人口及村落分布的复杂等各方面原因,使得我国目前的农村环境保护进展不容乐观,尤其是农村水环境污染问题日益突出。而地方政府在水环境保护中工作不到位,众多农村水环境保护政策流于形式。此时,为了对我国现阶段农村水环境污染进行防治,推动农村清洁建设,促进我国乡村振兴,迫切需要拓宽我国农村水环境保护的主体范围,在农村范围内实现一定的水环境自治。因此,根据对我国农村村民自治的发展演变,以及对与村民自治相关的概念的辨析和理解,提出对我国农村水环境保护村民自治存在的法律问题的探究和完善。农村水环境保护是我国水环境保护体系中的关键环节。在特定的农村范围内实行农村水环境保护村民自治,能够充分发挥我国村民自治组织在农村村民自治中特殊的地缘、组织、规模效益等优势,是我国村民自治组织在农村环境管理职能的体现,也是对政府在农村水环境保护中不足的弥补,亦是对我国农村居民环境利益的维护,是我国多元共治的需要。因此,通过对我国农村水环境污染的现状及我国农村水环境保护村民自治的情况分析,发现我国农村水环境保护村民自治存在的法律问题包括:农村水环境保护村民自治的依据不完善;我国村民自治组织作为农村居民开展自治的组织单位,在农村水环境保护中的地位未得到明确;我国农村水环境保护村民自治的具体方式尚未被确定;以及保障我国农村水环境保护村民自治的相关制度还不完善。为此,提出在我国立法上对农村水环境保护村民自治的依据进行完善;对我国村民自治组织在保护农村水环境自治中的主导地位进行明确,并规定其具体的农村水环境保护权利和义务,对其在我国农村范围内开展水环境保护的方式进行确定;并提出对农村水环境保护村民自治的保障机制进行完善之建议。试图在我国广大农村地区,因村制宜,在村民自治组织的主导下,开展我国农村水环境保护村民自治,推动我国农村环境整治,恢复农村居民全面、安全、健康饮水。