《刑事诉讼法》新修将刑事缺席审判程序增设为特别程序,这一程序设置目的在于反腐败追逃追赃,但并不局限于贪污贿赂类案件,在保障被追诉人诉讼权利的前提下,其他重大刑事案件也可以进行缺席审判。建立刑事缺席审判程序,能够有力的震慑贪腐分子,回应社会关切,强化针对贪腐分子的境外追逃追赃,弥补违法所得没收程序存在的缺陷。然而,无论是违法所得没收程序还是缺席审判程序都具有在被追诉人缺席的情况下对涉案财产和其他犯罪所得进行追缴、没收的功能,且两程序均能适用于贪污受贿类犯罪、危害国家安全的犯罪以及恐怖活动犯罪。违法所得没收程序与缺席审判程序相同的立法目的、程序功能与重叠的适用范围使得两程序存在法条竞合关系。在设置刑事缺席审判程序后,部分学者提出将违法所得没收程序取消或将将其功能纳入刑事缺席审判程序。针对学界存在的争论,保留违法所得没收程序具有理论上的正当性和实践上的必要性,在违法所得没收与刑事缺席审判程序存在法条竞合关系的制度背景下,对两程序竞合后存在的问题加以分析,再提出制度完善方案显得刻不容缓。目前刑事诉讼法学界对违法所得没收与刑事缺席审判程序竞合后的制度完善研究十分匮乏,但司法实践中两程序竞合可能存在五大问题。一是两程序适用上存在竞合,如何选择适用、区分适用的问题;二是实践需求可能造成叠加适用程序,在没收违法所得后,缺席审判如何处置涉案财产以及刑事缺席审判生效后发现未没收的违法所得如何处置的问题;三是两程序没收、追缴财产的证明标准不同,可能导致同一案件适用不同程序审理,没收、追缴财产的范围、额度可能不同,证明标准的不同还可能导致缺席审判判处无罪后能否适用违法所得没收程序追缴涉案财产的问题;四是两程序对涉案财产处置发生错误救济范围过窄,可能出现依照程序作出没收涉案财产的裁定发生错误后,返还、补偿的范围、额度无法弥补损失;五是被缺席审判者到案提出异议后,若本案曾适用违法所得没收程序没收涉案财产,没收违法所得的裁定撤销时间、撤销方式的问题。针对违法所得没收与刑事缺席审判程序竞合问题,一是检察机关要基于个案分析选择适用程序,且检察机关在个案分析上的参考因素应当具体化,二是赋予法院对程序选择适用的建议权,三是程序中止、中断后,应当建立顺畅的程序切换制度。同时呼吁扩大、统一两程序在财物没收上的救济范围。最后提出建立科学合理的被缺席审判者异议权保障机制以及异议提出后违法所得没收程序回溯机制。