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白梭吻鲈(Sander lucioperca)是一种重要的淡水经济鱼类,其肉质细嫩、肌间刺少、蛋白质含量高,已成为极具养殖潜力的经济鱼类之一。白梭吻鲈的生长周期较长,大部分个体需要两年时间才能达到上市要求。本研究利用SLAF-seq(Specific—Locus Amplied Fragments Sequencing)技术批量开发 SLAF 标记,构建了白梭吻鲈高密度遗传连锁图;进行了生长性状QTL(quantitative trait loci)定位和生长相关SNP(Single nucleotide polymorphism)分子标记的筛选与鉴定:基于KASP分型技术,在25对白梭吻鲈亲本及其598尾子代中进行了家系鉴定,并根据子代表型数据筛选出生长快速家系。本研究结果将为白梭吻鲈人工养殖群体遗传管理和良种选育提供一定的理论指导。1基于SLAF-seq技术的白梭吻鲈遗传图谱的构建与评估以2尾白梭吻鲈作为亲本,其繁殖的150尾子代(Fl代)作为作图群体,对以上152个个体进行了 SLAF测序,共获得436.58M reads(87.28G),亲本测序深度为100.16×,子代为19.51×。根据序列对比分析,共得到237,687个SLAF标签,其中多态性SLAF标签34,774个,多态比例为14.63%,共有19,147个SLAFs(8.06%)分离类型为ab×cd,ef×eg,hk×hk,lm×lm,nn×np中的一种,可被用于遗传图谱构建。通过筛除质量低、缺少亲本信息、严重偏分离等不适合构建图谱的标记,最终有8,159个SLAF标记连锁到图谱上。该白梭吻鲈遗传连锁图谱包含24个连锁群,总图距3,421.81cM,平均图距0.46cM,上图标记完整度为99.88%,LG10为连锁图谱上最大的LG,有313个标记,长度为201.20cM;最小的为LG15,只有70个标记,长度为83.74cM。雌性图谱包含5,239个SLAFs,总图距2,582.83cM;雄性图谱包括4,221个SLAFs,总图距4,179.41cM。遗传图谱的构建将为开展白梭吻鲈分子标记辅助育种工作奠定一定的理论基础。2白梭吻鲈作图群体的表型数据统计与生长相关QTL定位以白梭吻鲈SLAF标签遗传图谱为基础,对其作图群体生长性状进行QTL分析,结果显示在LG6、LG9、LG16和LG18上共检测到21个与生长相关的QTL,其中控制全长的1个、控制体长的5个、控制体重的3个、控制空壳重的3个、控制体周的3个、控制体厚的3个、控制体高的2个、控制头长的1个。在21个与生长相关的QTL中,与体长相关的QTL区间内共包含32个SLAF标签,是含有最多标签的QTL;而与全长和头长相关的QTL区间内标签最少,各有2个SLAF标签;与体重、体厚和空壳重相关的QTL主要集中在LG16上,且这7个QTLs有一段QTL重叠区域(42.37-43.041cM);而除了体周外,所有生长性状相关的QTL区域在LG6上有一段QTL重叠区域(62.851-63.46cM)。3白梭吻鲈生长相关SNP分子标记的筛选及群体验证分析为获得与白梭吻鲈生长性状显著相关的SNP标记,首先对白梭吻鲈生长相关QTL中41个SNP分子标记进行了引物设计,并在作图群体亲本基因组中进行了扩增,结果显示20个位点成功扩增出了目的条带,并在父母本中表现出多态性。基于KASP(Kompetitive Allelw Specific PCR)基因分型技术,用这20个多态性位点扫描白梭吻鲈随机混合群体(n=298),并进行生长性状相关分析,发现M153213、M78531、M23410、M71805 和 M35696 共 5 个 SNP 标记与生长性状显著相关(P<0.05),其中,M35696与白梭吻鲈生长具有极显著相关性(P<0.01);M153213的GG基因型、M78531的TT基因型、M23140的GG基因型、M71805的GG与GA基因型和M35696的TT、TA基因型为生长性状优势基因型。本研究发掘到的5个生长相关的SNP标记,可为白梭吻鲈下一步分子标记辅助选育提供指导。4基于SNP位点分型的白梭吻鲈家系鉴定及优秀家系筛选基于KASP技术对25对白梭吻鲈父母本与其598尾子代进行基因分型,结合自主开发的软件进行家系甄别,结果显示:利用34个SNP分子标记成功鉴定出了隶属于25个家系的538个子体个体,鉴定率89.97%。其中F23号家系的子代数最多(57尾),其次为F11家系(46尾)和F16家系(41尾),每个家系平均子代数为22尾;筛选出了 8个生长快速家系(F4、F6、F7、F9、F10、Fll、F25和F30)和8个生长慢速家系(F5、F12、F16、F19、F23、F24、F27和F28),生长快速家系的全长、体长、体重都显著或极显著大于生长慢速家系,生长快速家系的平均优势基因型个数为17.22,极显著大于生长慢速家系(8.5),其中,F9家系的优势基因型数量最多,其子代群体具有21个优势基因型;亲本群体与子代群体各遗传参数(Na、Ne、Ho、He、PIC)无显著差异,表明有效繁殖群体保持在50时,能较好地保持白梭吻鲈群体遗传多样性;家系间的亲缘关系分析显示家系F18单独为一支,其他24个家系聚合为一支。其中,F6与F14聚合为一支,再与F10、F25、F28聚合为一支;F8与F27聚合为一支,再与F29聚合为一支;F2与F12聚合为一支,再与F19聚合为一支;F5与F30聚合为一支,再与F16聚合为一支;F7与F20聚合为一支,再与F9、F23、F4聚合为一支。家系鉴定技术的建立、优秀家系的筛选及家系间的亲缘关系分析将有助于白梭吻鲈的遗传管理及下一步家系选配方案的确定。