本试验将‘郑黄1409’黄瓜接穗和‘亮砧一号’南瓜砧木用靠接法嫁接,进行嫁接黄瓜自交繁殖,探究南瓜和黄瓜嫁接对嫁接黄瓜自交后代植物学性状的诱导作用,利用MSAP技术分析嫁接黄瓜自交后代基因组DNA甲基化的变化,利用高通量测序技术分析嫁黄瓜自交后代差异基因表达情况。结果表明,南瓜和黄瓜的嫁接会诱导嫁接黄瓜自交后代发生可遗传的变异,MSAP技术分析发现嫁接黄瓜自交后代的基因组DNA甲基化水平和状态发生变化,转录组分析发现嫁接黄瓜自交后代出现了大量的差异表达基因。结果表明:（1）嫁接黄瓜自交后代植物学性状与黄瓜接穗自交系相比大部分性状差异显著（p＜0.05）;嫁接黄瓜自交一代与接穗黄瓜自交系相比呈现出第二雌花节位处的叶长和叶宽减小、叶柄粗和茎粗变细、节间变长、植株变矮、果实横茎减小、果把变长、果肉增厚、种长和宽减小、百粒重减小的总体变异趋势。嫁接黄瓜自交二代大多数植物学性状呈现出与自交一代相同的变异趋势;嫁接黄瓜自交一代中出现两类表型性状变异,这两类表型性状变异在其自交二代发生遗传,南瓜与黄瓜的嫁接诱导嫁接黄瓜自交后代产生可遗传的表型性状变异。（2）嫁接黄瓜自交一代和二代中两类变异材料（变异Ⅰ型、变异Ⅱ型材料）的甲基化水平与黄瓜接穗自交系相比均上升,但变异Ⅰ型或Ⅱ型材料的单链外胞嘧啶甲基化水平或双链内胞嘧啶甲基化水平与黄瓜接穗自交系相比从自交一代（G1）到自交二代（G2）分别出现近乎相反的变化;变异Ⅰ型或变异Ⅱ型的甲基化状态从G1到G2出现相反的变化,G1中变异Ⅰ型的甲基化程度大于去甲基化程度,而G2中变异Ⅰ型的去甲基化程度大于甲基化程度,G1中变异Ⅱ型的去甲基化程度大于甲基化程度,而G2中变异Ⅱ型的甲基化程度大于去甲基化程度;MSAP特异片段的序列基因同源性分析表明,其同源基因主要对应含特定结构域的蛋白质、酶类蛋白和载体蛋白等,这些功能蛋白参与转录后调控、细胞氨基酸合成、氧化还原等过程,MSAP特异片段表明其同源基因的甲基化状态发生变异,这就可能对其基因的表达产生影响,进而影响嫁接黄瓜自交后代的生长发育,甚至导致表型性状变异。（3）嫁接黄瓜自交一代的叶片转录组分析表明,两类变异材料与黄瓜接穗自交系相比出现大量差异表达基因;差异表达基因GO功能富集表明,变异Ⅰ型的差异基因表达与植物的逆境胁迫和生长发育显著相关,变异Ⅱ型的差异基因表达与植物的光合作用显著相关;差异表达基因的KEGG富集通路表明,变异Ⅰ型的差异基因表达与植物体内信号转导显著相关,变异Ⅱ型的差异基因表达与植物体内能量代谢显著相关;筛选差异表达基因发现,两类变异材料在与生长素代谢调节和运输相关的GO功能富集节点和KEGG通路富集节点上都有较多的差异表达基因分布,这些基因的差异表达可能导致叶片的生长素水平发生变化,而叶片的生长素水平的变化会导致叶片表型的变异,由此推测,两类变异材料中与生长素代谢调节和运输相关的差异表达基因的出现可能是导致嫁接黄瓜自交一代出现叶片表型变异的原因之一。