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遗传多样性作为生物多样性的重要组成部分，是生物进化和发展的基础。设立自然保护区一直以来被认为是保护遗传多样性最有效的方式之一。然而，在实际的自然保护区规划和建设过程中，往往很少兼顾到物种的遗传多样性，尤其是多物种条件下的考虑。分子生物学技术和地理信息技术的发展使得检测和整合多个物种遗传多样性信息成为可能。通过这种方法，鉴定出不同物种共同的进化热点（遗传多样性高或遗传分化强烈的地区），从而在区域层面进行保护，为自然保护区规划和建设提供了新的思路。江西作为一个较为独立的地理单元，森林资源丰富，是我国重要的生物多样性热点之一。然而，江西有哪些进化热点，这些进化热点有没有受到合理保护，这些科学问题并未得到足够重视。 本研究选取江西具代表性的三种森林树种，其中钩栲，38居群476个体；青钱柳，26居群283个体；南方红豆杉，36居群445个体。以江西这一相对独立的地理单元（鄱阳湖流域）为研究对象，每个物种通过开发与筛选出的八对微卫星引物对各自的所有个体进行遗传多样性检测。研究结果表明三个种均具有较高的遗传多样性（钩栲，A=9.25，Ne=3.41，HE=0.665；青钱柳，A=10.38，Ne=2.95，HE=0.554；南方红豆杉，A=9.75，Ne=2.66，HE=0.522），且青钱柳（FST=0.196）相较于其它两个种（钩栲，FST=0.099；南方红豆杉，FST=0.158）具更高的遗传分化。分析结果表明江西北部（庐山、九岭山）、西部（罗霄山脉）、西南部（大庾岭）及部分中部地区占据较高水平的遗传多样性；同时分布在南部大庾岭、南岭及小部分北部（庐山）区域表现出较高的遗传分化。此外，在此基础上借助先进的地理信息技术绘制江西出八张遗传景观图；并通过比较整合三个物种的遗传数据（遗传多样性和遗传分化），从而鉴定出七个江西森林植物区遗传分化或遗传多样性较高的地区（统称进化热点地区）。本研究结果可为江西自然保护区规划和发展提供直接的理论指导，并对我国遗传多样性保护起到积极推动作用。