地区差异问题受到大多数国家的普遍重视，因为过大的地区差异不仅对社会公平与公正构成严峻的挑战，而且危及社会稳定。我国在《“十一五”规划建议》中明确指出，要鼓励东部地区率先发展、促进中部地区崛起、推进西部大开发、振兴东北地区等老工业基地，促进区域的协调发展。而乡镇企业发展的地区差异对我国农村的地区差异，进而对全国的城乡差异都产生了重要的影响。为此，对乡镇企业地区发展差异问题的研究，探索地区差异扩大的形成机理，并寻找缩小乡镇企业地区差异，或遏制地区差异扩大势头的科学对策，对于推动农村地区的协调发展、统筹城乡发展，进而推动整个国家经济社会的和谐发展具有重要意义。乡镇企业发展的地区差异问题可分为三个方面：1．地区差异有多大，其发展变动趋势如何；2．地区差异的结构是怎样的，不同产业或区域的差异与全国的总体差异是否相等；3．地区差异产生的原因有哪些，如何尽可能地缩小或减缓差异扩大的势头。本研究在阐述改革开放以来中国乡镇企业发展历程及其经济社会贡献等背景资料的基础上，通过基尼系数、加权变异系数、标准差、距平值等地区差异的测算方法，对乡镇企业地区差异的时间和空间变化特征进行了详细的分析，发现改革开放以来乡镇企业的地区绝对差异持续扩大，且东部地区乡镇企业的增长明显快于西部地区；而乡镇企业的地区相对差异则表现出阶段性起伏波动的态势，除了1984～1987年、1994～1995年和1998～1999年三个时期外，地区相对差异都逐年扩大。通过对地区差异的深入考察，我们发现乡镇企业绝对差异的扩大与企业整体的快速增长直接相关；而相对差异的缩小则与国家的宏观经济政策存在密切联系。为了探究乡镇企业地区差异的结构状况，本研究通过熵指数分解法和基尼系数分解法，对地区差异进行了区域与产业两个层面的结构分解。发现在产业层面，乡镇企业的地区差异主要体现为第二产业的差异；在区域层面，东、中、西部区域之间的差异明显大于三大区域内部的差异。并且，进入21世纪以来，占全国乡镇企业主要份额的第二、三产业的地区差异逐年扩大，东、中、西区域内部和区域之间的差异也在不断扩张，这直接推动着近年来全国乡镇企业地区差异的扩大。在乡镇企业地区差异产生的原因方面，本研究从企业内部和企业外部两个角度入手，结合实证分析与案例研究方法，发现从企业内部看，影响乡镇企业增长差异的投入因素包括劳动力、中间投入、资本，而各要素的贡献份额按从大到小的顺序排列，依次为全要素生产率、中间投入、资本、劳动力，且全要素生产率的提高对企业增长差异的影响程度呈逐渐增强的趋势。就具体区域而言，东部地区乡镇企业的增长主要依靠全要素生产率的提高来实现；中部地区企业的增长主要由资本投入的扩张来获得；西部地区主要通过中间投入的增加来推动其乡镇企业的增长。而从企业外部看，乡镇企业地区差异的扩大，与企业的产生背景(包括经济基础、区位条件、社会环境、政策支持)、产权改革、外商投资、发展模式、服务体系等因素密切相关。在上述研究的基础上，本研究指出，在短期内，中国乡镇企业发展的地区绝对差异可能将继续扩大。但随着国家各项地区协调发展政策的逐步落实，乡镇企业发展的地区相对差异有望缩小。为了促进乡镇企业的地区协调发展，或抑制地区差异扩大的势头，本研究指出了如下政策含义：以第二、三次产业为重点、以区域间差异为主攻方向、以增强科技创新能力为核心、以生产要素的市场化改革为突破口、以加快服务体系建设为支撑，缩小乡镇企业发展的地区差异。