流域生态文明建设与人民福祉息息相关。内蒙古横跨中国的东北、华北和西北地区,是我国北方重要的生态功能区,内蒙古处在干旱、半干旱地带,河流水资源分布不平均、河流水资源匮乏。随着工业化、城镇化的推进,不合理的水资源利用造成不少河流断流、湖泊干涸,对水资源平衡和地表生态造成了严重影响。2016年11月,中央在总结地方治水成功经验的基础上,将“河长制”在全国推广,为我国的水环境治理开创了新的模式。内蒙古在2017年底前全面建立了河长制,但是内蒙古在推行“河长制”过程中存在诸多问题,需要我们加以解决。本文以内蒙古河长制作为研究对象,从对“河长制”、整体性治理理论和公共资源治理理论相关概念及理论的阐述出发,通过分析当前河长制在内蒙古推行的实际情况,指出在整体性治理视角下,内蒙古河长制在运行过程中存在的主要问题有过度依赖行政首长权威、河长权责的制度与逻辑困境、协同合作碎片化、社会公众参与不足。其次对产生问题的主要原因进行了分析。最后,以整体性治理理论为依据,提出提升内蒙古河长制的运行的对策建议,构建统筹整合的整体责任制度、健全法制建设,保护长效治理、建立协调机制,促进协同治理、形成公私合作的多元治理结构、打造“河长制+互联网”的信息化治理模式。