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目的:基于宁夏县级综合性公立医院的主要投入与产出指标，利用三阶段DEA模型，对宁夏县级综合性公立医院运行效率进行分析，了解县级公立医院综合改革后运行效率变化情况，研究医院运行效率影响因素，为县级公立医院综合改革决策提供科学依据。 方法:收集近5年的相关文献资料进行归纳和总结，筛选出国内外基于DEA评价医院效率和生产率使用频次最多的关键指标，采用聚类分析方法并咨询相关专家，选用适当的投入指标和产出指标，建立宁夏县级公立医院效率评价的指标体系。 运用三阶段DEA方法对宁夏县级综合性公立医院进行运行效率测算，其主要特点是使用SFA回归分析剥离了环境因素和统计噪声对医院运行效率的影响，通过对比试点与非试点医院不同时间段运行效率，对宁夏县级综合性公立医院未来的发展提出相关建议。 结果:2007-2016年，宁夏县级公立医院投入规模持续增长，在职职工年均增长5.38%，固定资产年均增长11.67%，实有床位数年均增长7.79%，总支出年均增长20.43%，门急诊人次数和出院人次数分别增长9.14%和10.07%。县级公立医院综合改革前后，试点医院与非试点医院的固定资产年均增长率分别由10.38%和24.05%下降到-7.38%和2.35%，实有床位年均增长率分别由8.98%和9.38%下降到1.02%和9.29%，门急诊人次数年均增长率分别由13.43%和9.33下降到2.03%和3.05%，出院人次数年均增长率分别由13.56%和13.81%下降到-1.4%和5.83%；试点医院的在职职工数年均增长率由7.85%下降到-1.88%，总支出年均增长率由20.35%下降到5.3%；非试点医院的在职职工数年均增长率由3.98%上升到10.5%，总支出年均增长率由24.56%上升到 27.22%。通过三阶段DEA模型分析结果可以看出，在分离了环境变量和统计噪声对医院效率的影响后，2007-2016年宁夏县级综合性公立医院综合技术效率值在0.900左右波动，试点医院各年综合技术效率值均高于非试点医院，县级公立医院综合改革前（2007-2013年）试点医院与非试点医院效率值差距相对稳定，但是县级公立医院综合改革后（2014-2016年）试点医院与非试点医院的效率值差距逐渐拉大。医院综合技术效率的无效率（效率值小于1）主要是由于其规模效率无效率，提示当前医院的规模不适宜医院的发展，对医院规模的调整是非常必要的。Malmquist模型结果显示2007-2016年间，宁夏县级综合性公立医院全要素生产率年均增长速度为2.8%，技术进步变动指数对全要素生产率提高的贡献大于技术效率变动指数的贡献，医院技术效率变动指数和技术进步变动指数的变化呈现着反向变动的关系，可能是由于医院的技术水平提高对技术效率发挥有滞后效应。在以县级公立医院综合改革为时间节点分析宁夏县级综合性公立医院全要素生产率及其分解指标时发现，县级公立医院综合改革前试点医院与非试点医院全要素生产率相差不多，做t检验在α=0.05显著水平差异无统计学意义；县级公立医院综合改革后试点医院全要素生产率高于非试点医院，做t检验在α=0.05显著水平差异有统计学意义，试点医院运行效率是升高的，非试点医院运行效率降低。 结论:贯彻落实公立医院改革政策，全面推进公立医院改革；合理控制县级公立医院规模，提高整体运行效率；积极提高医院技术创新能力，提升专业人员整体素质；推广三阶段DEA效率评价方法，建立长效管理机制。