中止诉讼,先行裁驳、另行起诉以及现有技术抗辩的衔接机制已经不能解决“双轨制构造”引发的侵权认定延迟,诉讼效率低下的难题,其自身还面临着中止诉讼运行陷入僵局,先行裁驳运行效果不佳、现有技术抗辩功能异化的困境。规则的宽泛和定位模糊是衔接机制运行无序、失范的直接原因,既有衔接机制本身的缺陷性、民行二元体制的局限性及机制运行的滞后性决定了其不能采取简单的优化进路,应进行制度结构功能的重新调整,并注重顺应现有的社会逻辑和社会需求。考量衔接机制改造的制度资源,以社会需求为导向,将衔接机制的价值重新定位为以公正为基础,兼顾效率,用行政行为无效理论突破公定力的桎梏,重新调整制度结构,赋予法院专利效力认定的职能。同时通过限定无效判决的溯及力、界定司法认定的范围和要件、协调诉讼和确权的事实认定标准以及优化配套设施等一系列衔接机制,从根源上解决专利侵权诉讼自身及其衔接机制面临的困境。全文除绪论和结语外,共分成四部分:第一部分,专利侵权诉讼与专利确权程序衔接机制的现状及困境。以历年来5121篇裁判文书入手,分析衔接机制的实证数据,发现衔接机制总体面临着运行无序、失范的困境,具体表现为中止诉讼运行陷入僵局,先行裁驳、另行起诉运行效果不佳,现有技术抗辩功能异化。第二部分,专利侵权诉讼与专利确权程序衔接机制的运行机理。从规则层面、制度层面、法理层面三个维度对衔接机制的运行机理进行分析,明确衔接机制产生困境的原因,为衔接机制的优化寻找突破路径。第三部分,专利侵权诉讼与专利确权程序衔接机制的改造路径。从宏观层面出发,考量衔接机制的改造路径。在考量衔接机制改造的制度资源之后,以社会需求为导向,重新将公正优先的价值定位调整为以公正为基础、兼顾效率。以制度结构调整作为突破口,赋予法院专利效力司法认定的职责,构建专利效力司法认定的衔接机制。第四部分,完善专利效力司法认定衔接机制的具体建议。从微观层面出发,提出衔接机制完善的具体建议,以新价值定位为导向,结合机制构建的具体内容,分别从立法、执法、配套设施三个角度出发,完善专利效力司法认定的衔接机制,保障衔接机制的高效运行。