小麦（Triticum aestivum L.）是世界上种植面积最大、分布最广的粮食作物,也是全世界超过40%人口的主食。小麦麸皮占小麦质量的15%左右,包含果皮、种皮及糊粉层,是小麦种子（颖果）的重要组成部分,具有很高的营养价值。小麦种子形态最显著的特点之一是具有腹沟,腹沟面积占麦皮总面积的15%-25%,其形状和深浅是衡量籽粒形状优劣的重要指标。本研究对73份中国小麦地方品种冷冻切片种子进行显微观察,辅以Image J软件精确测定2018、2019、2020年于四川崇州收获材料的麸皮厚度、腹沟深度、腹沟宽度表型数据,筛选出各性状多样性明显的材料各10份;结合供试地方品种SNP标记数据、群体结构和亲缘关系,对其进行麸皮厚度、腹沟深度、腹沟宽度全基因组关联分析（GWAS）。结果表明,供试73份中国小麦地方品种三年间麸皮厚度均值范围为104.9-105.7μm,腹沟宽度均值范围为1668.5-1762.7μm,腹沟深度均值范围为1282.1-1428.2μm。材料中麸皮厚度、腹沟深度、宽度均服从正态分布。来自长江中下游春（秋播）麦区（III-YTS）小麦麸皮最厚（107.59μm）,青藏高原-冬（播）麦区（IX-QT）小麦麸皮最薄（101μm）。西南春（秋播）麦区（V-SWAS）小麦腹沟最宽（1858.1μm）,北部冬（秋播）麦区（I-NW）小麦腹沟最窄（1621.38μm）腹沟,而青藏高原-冬（播）麦区（IX-QT）小麦腹沟最深（1434.3μm）,长江中下游春（秋播）麦区（III-YTS）小麦腹沟最浅（1285.12μm）。从供试中国小麦地方品种Wheat 660 SNP基因型芯片数据中筛选出178803个SNP标记具有多样性且MAF≥0.05,采用混合线性模型进行麸皮厚度、腹沟深度、腹沟宽度全基因组关联分析。（1）检测到分布于2A、6A染色体上2个QTL位点（P≤0.001）与麸皮厚度相关,单个位点表型变异贡献率范围为21%-22%,其中贡献率最大的标记是AX-110909404-AX110382599。（2）检测到分布于2A、2B、7A染色体上4个QTL位点（P≤0.001）与腹沟深度相关,单个位点表型变异贡献率范围为22%-28%,其中贡献率最大（28%）的标记是AX-111481453-AX-108789879。（3）检测到分布于1A、5B染色体上的2个QTL位点（P≤0.001）与腹沟宽度相关,单个位点表型贡献率范围为25%-27%,其中贡献率最大（27%）的标记是AX-111071647-AX109521813。