在光伏发电系统中，经济效益是光伏发电系统能否得到大力推广的重要因素，目前的光伏发电系统成本还不能实现平价上网，甚至比普通电价高出几倍，但随着光伏发电系统的发展，相信在不久的将来光伏发电成本将会大大降低，达到平价上网的要求甚至更低。而在发展中运用到的必要工具就是计算机仿真和辅助软件技术，首先应该选择仿真平台软件，它是实现仿真和辅助设计的基础。本文选用专业光伏软件PVSYST作为光伏发电系统的仿真软件，运用MATLAB软件作为光伏系统仿真数据优化软件，优化仿真实验数据，求取目标值。本文首先指出在相同的面积里，系统发电效率最高和发电量最多并不是最佳经济效益的观点，并提出新的最佳经济效益的定义：即系统发电总量与系统均价的比值，换句话说，光伏发电系统不仅成本要低，而且发电量也要多。本文主要讨论的阴影模型是阵列间的遮挡产生的阴影现象，即通过改变光伏阵列间距改变阴影范围变化。根据负载情况和安装地理位置设计了一套合适的独立光伏发电系统，借助PVSYST软件搭建仿真模型，并对固定式、双轴跟踪式两种模型分析进行无阴影、阴影的仿真研究，得出阵列间距与系统发电量的关系。最后，结合光伏系统参数成本因素得出发电量与成本的数据对应关系，运用MATLAB软件寻找那个发电量较大而成本又较小的最佳经济效益目标值。通过对固定式和双轴式两种模型的仿真证明观点本文创新观点的正确性，并也得出双轴式模型优于固定式模型的结论。这些研究对实现光伏发电系统的经济效益最大化具有实际指导意义。