论文部分内容阅读
背景肺癌是目前全球范围内癌症相关死亡病因中致死率最高的疾病,其中约85%的肺癌为非小细胞肺癌(Non-small Cell Lung Cancer, NSCLC),最常见的包括腺癌和鳞癌。低剂量CT应用于肺癌高危人群筛查后,肺癌死亡率显著降低,但筛查的假阳性率也因此增加,从而造成过度诊断和治疗。目前,病理组织活检仍是肿瘤诊断的金标准,并且能够指导用药方案的决策和疗效评估。但该诊断方法存在明显的缺陷。肿瘤具有异质性,组织活检并不能提供完整的肿瘤突变信息,且取材困难,有创操作对患者而言风险大。近年来,循环游离DNA (Circulating free DNA, cfDNA)的检测逐渐成为肿瘤领域新的热点和趋势,其中来源于肿瘤组织或细胞的DNA称为循环肿瘤DNA (Circulating tumor DNA, ctDNA)。但目前大多数cfDNA的研究均集中于晚期肿瘤的治疗评估、耐药复发及疗效监测。早期肿瘤患者由于其肿瘤负荷低,因而cfDNA丰度及ctDNA比例均明显低于晚期肿瘤患者,不易进行检测与评估。近两年来,随着二代测序技术的不断发展完善,ctDNA检测的敏感性及特异性有了显著提升,这也给ctDNA的早期肿瘤诊断提供了更多的可能。实验目的基于二代测序技术的cfDNA拷贝数变异(Copy Number Variations, CNVs)检测在晚期肿瘤中研究较多,但早期肿瘤领域鲜有人涉足。本研究课题着眼于早期肺癌cfDNA的CNVs检测,通过肺癌患者与肺部炎症患者组织标本及血浆cfDNA的CNVs对比,尝试提出肿瘤早期诊断的另一途径。实验材料和方法1.病例收集2015年11月至2015年12月就诊于中国医学科学院北京协和医院胸外科行手术切除的早期肺癌及肺部炎症患者各4例。收集相应肿瘤组织标本及全血标本。2.全基因组测序根据全基因组测序的规范流程,完成组织DNA及cfDNA的提取、文库建立、质量控制、上机测序等实验步骤。3.数据分析在进行测序质量控制、序列比对后,使用Control-FREEC (version 9.1)软件进行CNVs计算,并对GC含量进行校正。实验结果CNVs检测结果显示4例肺部炎症患者的组织及cfDNA均未检测到明显CNVs改变。在4例早期肺癌患者中,3例IA期的肺癌患者组织及血浆cfDNA中未检测到明显CNVs改变,1例IB期的肺癌患者,其组织中能检测到较显著的CNVs改变,但其cfDNA中的CNVs变化趋势与组织中并不能完全匹配。经过仔细对比,在该患者10号染色体的短臂上找到一个可能的CNVs改变阳性区域。结论研究探索并证实了早期肺癌的CNVs改变能够在血浆cfDNA中被检测到,并由此突显了检测平台高敏感性和高特异性的重要性。由于cfDNA的CNVs变化较小,未来的研究需进一步扩大样本量,并纳入更多正常对照,优化相关实验步骤,进行进一步探索和验证。