烟台地区苹果重要病害LAMP快速检测体系的建立

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截至2018年,报道过的苹果病害有100多种,根据病害的发生部位具体可划分为叶部、枝干、果实和根部病害。烟台市苹果连续10年位列我国果业第一品牌。而苹果病害的发生给苹果产业带来巨大的经济损失。目前对于苹果病害的防治,主要以预防和早期防治为主,因此适时的对病原菌进行鉴定检测就显得尤为重要。由于病症的相似性,且分离鉴定需要较长的培养时间,传统的形态学分离鉴定方法已经无法满足当今的需求,而普通的分子生物学检测方法对实验操作和试验仪器的要求较高,不适用于田间常规检测。因此,建立一种快速、准确、高效的检测体系对于及时有效地控制苹果各种病害有着重要的意义。环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothemal amplification,LAMP),被广泛应用到医学、食品、卫生等领域。目前此技术在植物病原物检测中也有应用,为之后的植物病原菌的早期检测工作提供了新的思路。本研究以烟台地区苹果五种常见的真菌病害:苹果霉心病、苹果腐烂病、苹果炭疽病、苹果斑点落叶病、苹果红点病为研究对象,建立其LAMP快速检测方法,并对其检测条件进行了优化及田间检测的验证。并取得了以下研究结果:1.分别针对四种病原真菌的内参性基因以及特异性基因设计LAMP以及PCR特异性扩增引物。2.进行了五种基因组DNA提取方法的筛选,得到了三种适用于本研究中4种致病真菌的DNA快速提取方法,分别为All-DNA-Fast-out法、KOH-PEG法和植物基因组植物DNA提取试剂盒法,这三种方法都能够成功提取4种病原菌纯化培养的菌丝DNA;但在LAMP检测体系的田间样品检测实验中发现All-DNA-Fast-out法只适用于提取叶片中致病菌的DNA,而植物基因组植物DNA提取试剂盒则适用于提取叶片、枝条及果实中病原菌的DNA。3.成功建立了苹果霉心病、苹果腐烂病、苹果炭疽病、苹果斑点落叶病、苹果红点病的LAMP快速检测方法。该方法具有极高的种间特异性,在90 min内就可检测到10~-99 ng/μL的苹果炭疽病菌(Colletotrichum gloeosporioides),能在90 min内就可检测到10~-99 ng/μL的苹果霉心病菌(Trichothecium roseum),在90 min内就可检测到10~-66 ng/μL的苹果斑点落叶病菌(Alternaria alternaria),在90 min内就可检测到10~-99 ng/μL的苹果腐烂病菌(Valsa mali)。4.对预设的LAMP检测体系进行了优化,发现4种致病真菌的最佳反应时间都为60 min,最佳反应温度都为65℃。苹果腐烂病菌FIP/BIP最佳反应终浓度为0.6μmol/L,其它3种病真菌的FIP/BIP最佳反应终浓度都为0.4μmol/L。5.为了确定LAMP检测方法的可行性,运用本实验建立的LAMP检测体系分别对烟台农科院试验田内采集的5种病害田间样品其中包括健康和疑似发病样品各20个进行了LAMP特异性检测,并将其结果与PCR检测方法和传统分离鉴定检测方法的检测结果进行比较,发现四种致病真菌的PCR及LAMP检出率高于传统分离检测方法,而LAMP检测的检出率高于PCR检测。
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