2012年《刑事诉讼法》增加了控辩双方可以申请专家辅助人出庭对鉴定意见提出意见的规定。近年来,全国各地陆续出现了一些专家辅助人出庭的案例,实践层面的尝试与探索为制度的发展和完善积累了宝贵的经验,同时也反映出了专家辅助人制度在运行中的诸多问题。因此,本文采用实证研究的方法,对当前已有的专家辅助人制度实践进行研究,旨在了解制度的运行状况,发现制度运行中遇到的障碍和问题,最后尝试提出相应的解决方案。本文正文包括以下四个部分:第一部分是本文的导言,该部分对论文的研究对象、研究方法及研究样本进行简要介绍。本文的研究对象——“专家辅助人”是狭义上的专家辅助人,即在刑事诉讼中,经控辩双方申请出庭对鉴定意见提出意见的人。在研究方法上,本文总体上采取实证研究的方法;在具体的研究方法上,本文主要采用统计分析、访谈、问卷调查相结合的方法。本文的研究样本主要包括以下三类:涉及专家辅助人制度的124份裁判文书;关于检察官、法官对专家辅助人制度认识的42份调查问卷;与接触过专家辅助人制度人员进行访谈所形成的4份笔录。第二部分是对专家辅助人制度运行概况的考察和分析。首先,专家辅助人制度在实践中的总体适用率低,其原因包括该制度的可操作性不强、实践中法官、检察官、当事人等对该制度存有抵触心理等。其次,专家辅助人制度多适用于故意杀人、故意伤害等人身伤害类案件中,因为该类案件涉及死因鉴定、伤情鉴定等在实践中最易引发争议;专家辅助人制度多适用于专业性较强的案件中,因为为避免“外行人审专业问题”的尴尬,法官往往需要借助专业人士来解决案件中的专业问题;专家辅助人制度较为集中地适用于人身伤害类案件中,同时决定了其多适用于法医临床、法医病理类鉴定中。再次,专家辅助人制度的实践案例广泛地分布在全国各省份地区、各类型、各层级法院,这基本符合现阶段我国刑事案件审理的实际情况。最后,专家辅助人意见的采纳率整体上不高,这是由控辩双方在专家辅助人意见提出率和被采纳率上的悬殊、专家辅助人意见在水平上的参差不齐等原因造成的。第三部分是对专家辅助人制度在运行中出现的问题进行反思。其一,实践中对“专家辅助人”这一内涵在认识上存在偏差,混淆了“专家辅助人”、“有专门知识的人”、“专家证人”等概念。其二,实践中对专家辅助人准入门槛的设置不合理,仅依据“形式要件”对专家辅助人主体资格进行审查,带来了“伪专家混入法庭”、“真专家被拒之法庭外”的风险。其三,专家辅助人的出庭程序不完备,包括制度的启动标准不明确,实践中对专家辅助人“出庭必要性”的把握呈现出多元化的特点;专家辅助人在诉讼中的地位存疑;专家辅助人意见进行展示所需的新形式受到了限制;专家辅助人书面意见使用规则缺失;专家辅助人在庭审中的质证效果不尽如人意,实践中有些鉴定人根本未出庭、即使是在鉴定人出庭的情况下也未真正实现庭审质证。其四,专家辅助人意见的属性和效力不明确,实践中对专家辅助人意见的性质、证明标准认识不一、裁判文书对专家辅助人意见的回应也有所差别。第四部分是对专家辅助人制度进行完善的构想。专家辅助人制度本身的完善包括:其一,规范使用“专家辅助人”这一称谓,并根据职能的不同对诉讼中的各类“有专门知识的人”的称谓进行相应调整。其二,以“形式和实质统一”的原则对专家辅助人主体资格作出规定。其三,以“全面而有侧重”的原则对专家辅助人出庭必要性的审查标准作出明确;明确专家辅助人在诉讼中具有独立的主体地位;对专家辅助人书面意见的提出时间、效力等问题作出规定;借鉴英美法系“展示性证据”有益经验;庭审质证程序中建立专家辅助人交叉询问规则。其四,赋予专家辅助人意见以证据资格;对专家辅助人意见的证明标准作出明确;加强裁判文书的说理性。专家辅助人相关配套制度主要包括:一是建立专家辅助人专家库,鼓励并支持自律性行业协会的规范成长;二是以司法公正的视角探索建立专家辅助人援助制度;三是建立起专家辅助人权利保障机制;四是加强法官对鉴定意见的审查能力,培养“方法型法官”。