目的:对新疆地区食管癌患者中人乳头瘤病毒16(HPV16)的感染率进行检测,并分析哈萨克族食管癌患者HPV16 E6型基因结构的特点。方法:采用PCR技术扩增食管癌患者HPV16 E6基因,对HPV16E6在食管癌的感染率进行检测,以哈萨克族为研究对象,从中选取哈萨克族阳性样本,并对其进行克隆及全序列分析。结果:44例样本中癌组织16例阳性,癌旁正常组织8例阳性,其中18例哈族食管癌中8例阳性,阳性率为44.4%,并对哈萨克族食管癌HPV16E6基因进行克隆,经测序与Genebank(AF536179.1)收录的德国株相比,E6基因中氨基酸发生了变化。结论:新疆哈萨克族食管癌HPV16E6基因均有一个碱基突变,即第28位碱基均发生了A到G的突变,此变异使E6基因第10位精氨酸密码子AGA变异为甘氨酸密码子GGA,编码氨基酸改变,导致E6蛋白降解p53功能以及其它免疫原性改变。