雨生红球藻胁迫响应转录因子的功能分析及其表达的研究

来源 :深圳大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiaocai
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
雨生红球藻(Haematococcus pluvialis Flotow)在胁迫条件下可以大量积累虾青素,被认为是天然虾青素的优良来源。目前对雨生红球藻的研究侧重于促进虾青素的积累和提取工艺等方面,但对雨生红球藻虾青素的合成调控研究较少,其机制尚不清楚。本研究旨在探究转录因子在雨生红球藻受到环境胁迫而大量积累虾青素时所起的调控作用。雨生红球藻192.80经强光和醋酸钠胁迫处理,提取总RNA进行高通量测序,对差异表达的基因进行表达趋势分析,筛选差异表达转录因子进行克隆,通过对其结构和功能的分析阐明它们与雨生红球藻虾青素合成关键酶基因之间存在的调控关系,具体研究内容及结果如下:(1)通过强光醋酸钠联合胁迫雨生红球藻192.80,进行高通量测序。进行表达趋势、GO富集和Pathway富集分析;预测获得332个差异表达的转录因子,分别属于28个家族,通过多种表达趋势来响应不同的胁迫条件;藻细胞在胁迫条件下积累虾青素。以上结果表明在胁迫条件下,雨生红球藻次生代谢物合成旺盛,且转录因子与次生代谢物的合成存在联系;(2)分别采用强光、醋酸钠、水杨酸和缺氮等条件处理雨生红球藻192.80,发现雨生红球藻在缺氮条件下虾青素积累最多。基于三代转录组数据,分别克隆得到雨生红球藻AP2、b HLH、b ZIP、ERF、G2-like、HSF、Whirly和WRKY家族的8个转录因子,它们可以响应不同的胁迫并发挥作用;(3)由雨生红球藻基因组数据挖掘虾青素合成关键酶-BKT1、BKT2、Crt Rb1和Crt R-b2等基因的启动子序列,转录因子结合位点分析结果显示ERF和Ninlike等转录因子可能在BKT1等基因的转录调控中起重要作用;(4)进一步克隆获得9条雨生红球藻ERF转录因子,它们均含有AP2/ERF结构域,蛋白结构具有较高的相似性;亚细胞定位预测结果显示多位于细胞核;雨生红球藻的ERF转录因子与拟南芥具有同源性;(5)在不同胁迫条件下,雨生红球藻9个ERF转录因子和BKT1、BKT2、Crt R-b1以及Crt R-b2的表达均存在不同程度的上调。相关性分析显示雨生红球藻9个ERF转录因子和4个虾青素合成关键酶基因的表达存在较高的相关性。综上所述,我们推测:在强光、缺氮等胁迫条件下,雨生红球藻Hp ERF等转录因子表达上调,分别响应不同的环境刺激,可能通过结合于虾青素合成关键酶基因(BKT1、BKT2、Crt R-b1以及Crt R-b2)的启动子上来对基因的表达进行调控,从而调控虾青素的合成。因此,以上研究为我们弄清转录因子调控虾青素合成关键酶基因的转录奠定基础。
其他文献
【目的】探讨柴胡加龙骨牡蛎汤治疗少阳郁火型2型糖尿病合并抑郁状态(消渴郁证)患者的临床疗效及其可能的作用机制。【方法】将70例少阳郁火型2型糖尿病合并抑郁状态(消渴郁证)患者随机分为试验组和对照组,每组各35例。对照组患者给予控制血糖、血压、血脂等西医常规治疗,试验组在对照组的基础上给予柴胡加龙骨牡蛎汤口服治疗,疗程为12周。观察2组患者治疗前后中医证候积分、汉密尔顿抑郁量表(HAMD)评分、空腹
随着智能制造在工业生产中的推广与应用,工业检测面临着从人工目检到机器视觉的转型,检测算法是机器视觉检测的核心部分,直接关系到机器视觉检测的稳定性和效率。因此,研究稳定和高效的检测算法具有重要意义。本文在长沙市科技局重点项目课题的支持下,对某套装玩具的缺陷检测进行了研究,针对该玩具多品种小批量的特点,从传统图像处理方法和深度学习方法两个方面,提出了适用的缺陷检测算法,完成了对玩具的缺陷检测。本文主要
针对复杂场景下仅依靠传统的目标检测与跟踪算法进行跟踪时准确度低且速度慢的问题,提出一种基于GhostNet与注意力机制结合的行人检测与跟踪算法。首先,将YOLOv3的主干网络替换为GhostNet,保留多尺度预测部分,利用Ghost模块减少深度网络模型参数和计算量,在Ghost模块中融入注意力机制给予重要特征更高的权值。然后,引入目标检测的直接评价指标GIoU来指导回归任务。最后,利用Deep-S
随着经济的快速发展,物流配送需求也急剧增加且配送场景呈现多元化特点。对于物流配送常见的带时间窗多行程车辆路径问题(MTVRPTW),本文研究第一层级优化目标为最小化配送迟到时长和工作超时时长,第二层级优化目标为最小化车辆的数目,第三层级优化目标分别为最小化总体在途时长和最小化总体工作时长的MTVRPTW问题。本文研究不同优化目标下的MTVRPTW问题,并对不同优化目标下的MTVRPTW问题进行模型
基于DNA纳米材料,研究者们设计了多种链置换反应,并基于链置换反应构建了可进行逻辑判断,信息保护,可重用,可进行信号扩增,可用于核酸检测的功能电路等等。这些功能电路已经在各自的领域得到了广泛的应用。尽管如此,现有的功能电路尚无法满足所有研究需求,仍存在部分问题尚未解决。其一,现有的DNA功能电路无法对电路中间输出的数据进行回溯;其二,单碱基突变检测电路无法一次性识别检测多条同源DNA。围绕着这些问
我们生活在一个知识更新速度快并且信息日益繁杂的社会。为了从消费习惯、账号密码等繁杂的信息中抽取出对人们有用的信息,或者从海量的决策方案中筛选出最优的解决方法,以便提高生产效率、降低各方面的成本。人们通常会使用一些高效的数据挖掘工具和优化方法,从而利用计算机代替人脑进行许多十分复杂的计算。如何从海量的数据中归纳出对我们有用的信息,是一项高技术并且强度极大的工作。为了减轻人们的工作量,同时也为了节省社
micro RNA(mi RNA)是一类内源性长约21-24 nt的非编码RNA,通过剪切靶基因或抑制翻译对基因表达进行转录后调控,其中多种蛋白参与了mi RNA的形成,包括Dicer、HEN1等。HEN1最早是在拟南芥中被发现具有甲基转移酶活性,甲基化双链miRNA,使miRNA稳定存在,3’末端不被尿苷化而降解。HEN1是一类较保守的蛋白,其同源蛋白在植物、动物和部分细菌中均存在,但其生物学功
莱茵衣藻是研究脂质生物合成与工程化高脂质积累菌株的模式生物。研究表明,分别调控长链酰基辅酶A合成酶(LACS2)、柠檬酸合酶(CIS1)和转录因子(DOF)均能提高脂肪酸含量。LACS2活化脂肪酸进入β-氧化,CIS1催化TCA循环第一步反应,DOF转录因子调控碳氮代谢途径。本研究综合三条不同的途径增加油脂的积累,将双沉默基因LACS2-CIS1转入DOF工程藻中得到三基因工程藻,并分析了该工程藻
雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)为单细胞真核绿藻,在遭遇环境胁迫(强光、高温、高盐和氮饥饿等)时会大量合成并积累虾青素,其含量可占藻细胞干重的2-5%,是天然虾青素的优质来源。虾青素是一种具高强度抗氧化能力的化合物,被广泛应用于各种行业,包括水产养殖、化妆品和保健品等。雨生红球藻内虾青素的合成途径已经基本被阐明,其中BKTs和Crt R-B是其关键限速酶。然而该合成途径
随着世界经济的飞速发展,人们对于能源的需求也越来越大,传统化石能源已不能满足人们的需求。为了应对能源危机及化石能源带来的温室效应,人们已经在着手开发清洁可再生的生物能源,而微藻凭借其生长速度快,油脂含量高,不占用耕地面积等优势,被人们认为是具有潜力的原材料。原始小球藻是一种单细胞真核绿藻,它本身油脂含量高,且能够适应自养和异养两种培养模式,尤其在异养条件下能够积累大量油脂,因此将其用于生物柴油的生