农民专业合作社作为一种创新农村组织,正在充分地利用其组织优势,以当地资源为发展基础,解决传统农业小生产与竞争日渐激烈的大市场之间的发展矛盾,使分散的小农户经营能够更加适应国内市场的发展需求,乃至适应国际市场具有国际竞争力。然而我国的农民专业合作仍然处于初级发展阶段,农民专业合作社应有的组织优势还远远没有发挥出来,许多发展较快、规模较大的专业合作在规范运行和持续发展方面存在的问题也日渐显现。对于大多数尚处在发展初期的农民专业合作社,通过完善和健全运行机制提高农民专业合作社绩效,可以为农民专业合作社运行创造良好的条件和环境,使农民专业合作社的组织优势得到充分发挥；对于已经发展相对成熟的农民专业合作社而言,提高自身绩效水平也可以进一步提升农民专业合作社自身的竞争力。本文首先从发展规模以及运营模式等方面,研究了我国现阶段农民专业合作社的发展现状,指出农民专业合作社数量多但是发展规模小、组织内部运行机制不完善等问题。其次以现行大多数农民专业合作社的运行机制作为绩效评价指标体系构建的理论分析基础,遵循“行为一结果”绩效观,建立了一套以行为绩效和结果绩效为绩效结构,共18个三级评价指标的农民专业合作社绩效评价指标体系。再次应用构建的绩效评价体系,选取了内蒙古自治区乌兰察布市22家农民专业合作社进行调查研究,并采用主成分分析法进行绩效评价,得出实证分析结果。最后从农民专业合作社运行机制中行为和结果两方面出发,基于实证分析结果,提出促进农民专业合作社发展,提高农民专业合作社运行绩效的对策建议。