目的：前中药质量的考察存在单一成分，药效机制研究不足等缺点。并且，中药药对在解释中药作用机制及开发药用先导化合物具有较为深远的意义。本研究通过计算机模拟以及系统药理学方法分别对中药柴胡，柴胡-黄芩药对，以及四逆散三个不同药物层次分别对情志疾病以及炎症的治疗进行对证研究。初步探索中药饮片，中药药对以及中药方剂在治疗相对应时所发挥药效的物质基础及分子机制。明确中药有效作用物质群，机体内具有对疾病调节作用的潜在靶点及通路，并通过网络模型来进行展示及阐述。并最终寻找以中医理论为基础的中药质量控制标识物。　　方法：首先，通过对在线数据库PubChem，TCMSP，TCMID进行中药中成分的挖掘，并结合文献挖掘进行补充校正收集中药中的成分信息。其次，结合先前开发的ADME/T模型，分子预测模型预测以及在线中药分子靶点分析平台得到与中药成分相关的分子靶标及模拟药理学参数。并通过Uniprot数据库将靶点名称标准化，同时将标准化的靶标ID导入DAVID，GeneOntology工具，以及KEGG Mapper工具进行分子功能分析和通路分析。选择出具有潜在生物活性的成分作为标志物。最后，利用HPLC技术分别考察柴胡及其用药生物标志物的含量。　　结果：通过上述方法发现：柴胡疏肝解郁以治疗情志疾病主要通过8个有效物质影响25个相关靶点而发挥作用；四逆散方剂中，60个潜在的有效成分与187个潜在有效靶点作用达到神经-精神类疾病及其并发症的治疗作用；另外，柴胡-黄芩药对在治疗以炎症为基础的疾病时，潜在有效成分为30个，其对应121个有效靶点，并且这些靶点与机体内25个生物过程密切相关。在三个不同药物配伍中柴胡皂苷c均具有重要的作用，并作为我们选择的示例质量标识物进行考察。而在HPLC含量测定结果中，质量标识物柴胡皂苷C在不同来源的中药饮片中具有显著差异，而在不同的方剂中并未显示出明显的差异。　　结论：　　1、通过系统药理学分析，发现了中药治疗情志疾病及其相关疾病及并发症的有效物质群，治疗靶点及调节通路，为探索中药治病机理提供参考。　　2、通过对生物标志物进行考察，发现在针对不同的疾病单用或配伍时，其标识物确有差别。这不仅为中药治疗疾病机制研究提供了量效关系研究的依据，更重要的是可以从中医基础理论出发，对中药材的质量评价提供辅助，这一系统性的可以辅助传统的质量控制方法，促进中药更好、更精准的应用于科研及临床。　　3、通过对选择的生物标志物进行量化考察，发现筛选的标识物在不同来源的柴胡中具有差异，而在不同配伍的方剂中则没有明显差异。因此，探索一个多方面联合治病机制分析方法来辅助中药进行质量控制是有必要的。　　计算机辅助的多层次多角度中药质量控制方法不仅可以完善中药的质量控制体系，辅助中药更改好的治疗不同疾病，同时，也能够更快速、更准确的帮助其他具有多种抗药性疾病的治疗寻找天然产物中的有效物质，为发展中医药提供新的技术参考。