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系谱信息在牛遗传育种中起到重要作用，可用于QTL定位、全基因组选择及基于BLUP模型的种公牛遗传评定等研究。本研究的实验群体为来自内蒙古乌拉盖地区的西门塔尔牛资源群体，由于该资源群体以放牧形式为主、自然交配和人工授精相结合的配种方式，加之管理方式粗放，系谱记录缺失和错误十分严重。错误的系谱会降低遗传评定准确性，降低遗传进展，因此进行西门塔尔牛亲子鉴定是亟待解决的问题。本研究通过检测西门塔尔牛实验群体中微卫星和SNP两种标记的遗传多态性，旨在优化西门塔尔牛基于微卫星标记的亲子鉴定体系，建立基于SNP标记的西门塔尔牛亲子鉴定体系，并利用两套标记对本群体牛进行亲子鉴定，纠正潜在的错误系谱，建立完整、准确的系谱体系，提高育种值估计的准确性，进而加快西门塔尔牛的遗传进展。结果如下：1．确定了8个微卫星标记作为西门塔尔牛微卫星亲子鉴定体系的标记组合：BM2113、TGLA122、ETH225、INRA023、TGLA53、CSSM66、HAUT27、INRA037及2个候选标记：BM1824和INRA032。该标记组合的等位基因数、期望杂合度、多态信息含量的平均值分别为：11.4、0.828、0.8038，三种情况下累计排除概率分别为：0.99、0.9995、0.999998，说明该微卫星标记组合在本群体中具有较高的鉴定效率。2．最终筛选了50个多态性SNP标记作为西门塔尔牛群体亲子鉴定的SNP标记组合。该标记组合的最小等位基因频率、期望杂合度、多态信息含量的平均值分别为0.4818、0.4998、0.3748；母本基因型未知时，累计排除概率为0.9989。3．用微卫星标记组合对107头西门塔尔牛进行亲子推断，结果如下：80%的置信度水平下，78头找到最似父亲，其中32头置信度超过95%，46头置信度介于95%～80%。4．用SNP标记组合对938头西门塔尔牛进行亲子推断，结果如下：80%的置信度水平下，385头找到最似父亲，其中268头置信度超过95%，117头置信度介于95%～80%。