现代公司的出现导致企业所有权和经营权分离，由此产生了代理问题，股东和管理者之间的代理问题一直是学术界经久不衰的研究话题。目前，国内外关于代理问题的研究主要集中于公司治理与代理成本的关系。代理问题产生的根本原因在于信息不对称。企业的内部控制一方面是财务报表信息可靠性的重要保证，另一方面可以直接对稍低层次的管理者产生约束。那么，内部控制是否可以有效的抑制管理者代理成本？董事会在公司治理中处于核心地位，董事会特征是否也会影响管理者代理成本的高低？此外，内部控制和公司治理存在着错综复杂的关系，而董事会作为公司治理的核心机构，如果董事会和内部控制二者都能够有效抑制代理成本，那么当它们同时存在时，会不会存在互补效应？本文搜集了中国非金融类主板上市公司2008——2012年的经验数据，首先，根据内部控制目标实现程度选取指标，通过主成分分析法得到了内部控制指数，用来衡量内部控制质量。据此，文章分别研究了内部控制质量和董事会特征与管理者代理成本之间的关系。之后，针对内部控制与董事会同时存在时对代理成本产生的影响，本文也一并进行了检验。经过实证检验得到以下结论：①内部控制能够有效的抑制代理成本；②在董事会特征中，通过增加董事会规模，分离董事长和总经理的职务都可以有效的治理代理问题；③在董事会特征中，提高独立董事在董事会中的比重或者增加召开董事会的次数都无法有效的解决代理问题；④在解决管理者代理问题方面，内部控制和董事会有着互补效应。当前，我国代理问题严重，企业应当加强内部控制建设，合理设置董事会结构，从而有效的应对代理问题。