随着生物信息学的发展,人们已经积累了大量的DNA序列,对这些序列数据进行科学分析、处理,推动了生物信息学的发展。生物信息学中分析序列相似性比对的简单有效算法一直是生物学家关心的问题。进行序列相似性比对的算法很多,这些算法大都是基于动态规划算法,只是进行了不同程度的改进,也存在着一定的缺陷。用图形表示的方法从几何学的角度显示和分析DNA序列,已经发展成为研究基因序列的重要手段。伴随着环境的污染,各种疫病频繁发生,导致大量禽类死亡和人类感染的禽流感病毒就是其中最严重的疫病之一。为此,防治禽流感迫在眉睫,这就需要我们研究禽流感病毒的基因序列之间的进化关系,从而有针对性的防御和治疗禽流感。本文从NCBI数据库中查找了亚洲一些国家和地区的禽流感病毒HA片段的基因序列,用一种新的DNA序列的3D图形表示方法对这些禽流感病毒的基因序列的相似性进行了分析研究。首先介绍了几种典型的DNA序列的相似性比对算法,并详细介绍了一种新的DNA序列的3D图形表示法——3DD-特征曲线,它将DNA序列的字符编码转换为空间曲线,对于任意的DNA序列都有唯一的3DD-特征曲线与之对应;然后,在基于图形表示的序列相似性分析中,用矩阵的最大特征值作为不变量来度量序列特征.结合邻接法构建系统进化树的方法,将它应用到禽流感病毒基因序列的相似性分析及进化树构建中;最后,对由选取的禽流感病毒的数据集构建的系统进化树从地域、时间和宿主等层面进行分析,发现它们之间的亲缘关系,我们通过用3D图形表示法绘制出三个特殊序列的3DD-特征曲线,来研究禽流感病毒在传播和变异过程中与宿主的关系,对其进行简要分析,得出禽流感病毒的一些特征。