基于高通量测序的中国甜柿microRNAs鉴定及分析

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中国甜柿单宁累积与自然脱涩是一个极为复杂的生物学过程,迄今已从基因水平、转录水平进行过探索。已经明确,MicroRNAs (miRNAs)介导的转录后调控在植物生长发育中起至关重要的作用,但柿miRNA研究比较少见,其与中国甜柿单宁累积和自然脱涩间的关系尚未见报道。本研究以中国甜柿‘鄂柿1号’为试材,应用Illumina/Solexa高通量测序技术,对其自然脱涩前(花后15周)、后(花后20周)果实小RNA文库进行测序,并鉴定和筛选可能与中国甜柿单宁累积和自然脱涩相关miRNAs。此外,利用qRT-PCR技术初步分析miRNA及其靶基因表达模式。主要结果如下:1.应用Illumina/Solexa高通量测序技术,对中国甜柿‘鄂柿1号’花后15、20周果实的小RNA文库进行测序,分别获得6,258,487和7,634,169reads。通过与miRBase数据中rniRNA的前体和成熟序列比对,共鉴定出236个已知miRNA,属于65个miRNA家族;通过结构预测鉴定出33个候选novel miRNAs。通过差异表达分析,获得17个上调和44个下调miRNAs。在差异表达miRNA中,随机筛选12个已知和10个novel miRNA进行了qRT-PCR验证,发现上、下调结果与测序结果基本一致。2.应用psRNAtarget软件和WMD3在线对差异表达的miRNAs进行靶基因预测结果表明,上、下调miRNA分别锁定87、111个靶基因;一个保守miRNA一般有多个靶标,个数在1-10不等,且大多数保守靶基因在植物中广泛存在。miR156家族靶定SPL (squamosa promoter-binding-like protein family)基因家族,miR160靶定ARF (auxin response factor)基因家族,miR396家族靶定GRF (growth regulating factor)基因家族,miR398靶定Cu/Zn类超氧化物歧化酶。而dka-miR156j-5p靶基因为SPL9且在库中明显下调,但miR156家族其他成员上调:dka-miR858b, dka-miR395p-3p, dka-miR2911a靶基因分别为MYB、bHLH、ADH,初步认为上述4个miRNA与中国甜柿单宁累积和自然脱涩相关。3.靶基因GO功能注释结果表明柿miRNA在果实发育过程中系统性调控不同的相关发育过程。三种不同脱涩类型试材5个发育时期的表达模式结合单宁变化分析结果认为:dka-miR156j-5p, dka-miR858b, dka-miR395p-3p, dka-miR2911a可能参与中国甜柿单宁累积和自然脱涩过程。但该结果尚需进一步的功能验证方面的证据。综上所述,在中国甜柿上miRNAs的鉴定不仅丰富柿miRNA信息,也为从转录后水平研究中国甜柿单宁累积和自然脱涩奠定基础。
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