基于概率模型检测的基因调控网络优化控制问题研究

来源 :南京航空航天大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ZDLANJIBA
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
基因调控网络是一类基本且重要的生物网络,通过对其控制可以实现生物系统功能的调节。在系统生物学中,通过外部的干预控制构造关于基因调控网络的控制理论成为一个非常热门的主题。该控制理论有助于发展未来的基因治疗技术以及解决一些生命科学问题。目前,布尔网络和概率布尔网络作为重要的网络模型已经被广泛地用于基因调控网络优化控制问题的研究中。基因调控网络的优化控制问题是指寻找有效的控制策略使得网络按照期望的方式演变,同时最小化控制成本。由于采取不同的控制时长,优化控制问题可以分为有限范围优化控制问题和无限范围优化控制问题。根据两类优化控制问题的定义,本文提出了以概率模型检测技术为基础的解决方法。针对有限范围的优化控制问题,本文提出了一种以概率模型检测为基础求解最优期望总成本以及相应优化控制策略的方法。首先,该方法使用概率模型检测器PRISM提供的建模语言描述在具有控制输入情况下带有干扰且上下文相关的概率布尔网络。然后,归约优化控制中定义的最优期望总成本为马尔科决策过程上的最小可达性回报。最后,在PRISM中,reward结构用于描述优化控制中的定量信息,最小可达性回报属性使用概率计算树逻辑公式表达并且通过模型检测算法实现自动求解。获取到的有限范围优化控制策略能够有效地改变网络的短期运行行为。提出的方法被应用到细胞凋亡网络和WNT5A网络中。实验结果证明了方法的正确性和有效性。进一步,本文还考虑了使用该方法求解带有硬性约束条件的有限范围优化控制问题,并在实验中证明了方法的灵活性。针对无限范围的优化控制问题,本文提出了一种以遗传算法和概率模型检测器PRISM相结合的方式求解最优期望总成本以及相应优化控制策略的方法。无限范围控制策略是一种固定控制策略,即不依赖控制时间,确定在每个网络状态上的控制决策。首先,该方法归约无限范围控制中定义的期望总成本为离散时间马尔科夫链上的平稳状态回报。其次,构建包含固定控制策略的带有干扰且上下文相关概率布尔网络的PRISM模型。然后,为了求解无限范围优化控制问题,固定控制策略被编码为遗传算法解空间中的一个个体。个体的适应度值在PRISM中被计算。最后,遗传算法在解空间上迭代地执行遗传操作从而获取最优解。获取到的无限范围优化控制策略能够有效地改变网络长期运行行为。提出的方法被应用到WNT5A网络中。实验结果证明了方法的正确性和有效性。
其他文献
<正>国家的发展靠经济,经济的发展靠企业。我国在加入WTO之后,经济得到了更快的发展。但是应当看到,我国的企业在与世界接轨的过程中,企业的发展仍存在很多问题。我国的企业
营销腐败的蔓延,即造成巨大经济成本和资源浪费,又极大地毒化了社会风气和污染了人们的灵魂。因此,遏止营销腐败行为迫在眉睫。本文通过营销腐败产生根源的剖析,提出遏制营销
<正>近年来,随着中央实施重要战略部署和政策措施出台,我国文化传媒产业呈现出快速、良好的发展态势,正成为经济发展新的增长点,在稳增长、扩内需、调结构、促发展中发挥着重
建筑工程的施工过程是庞大的、复杂的,在施工中需要投入大量人力、物力和财力,而装配式建筑由于其性价比高、安装快等优点越来越广泛应用于建筑工程中,装配式建筑由预制部品
随着我国高速铁路的快速发展,沉降变形监测的需求也更加突出。沉降有发生、发展、稳定和极限四个阶段。在外界环境干扰下,沉降一般是一个非线性和趋势多变的过程。自动化沉降变形监测技术可满足高频、实时地沉降变形监测的需求。现行高速铁路沉降评估规定和规范只考虑了沉降稳定性的分析判定,忽略了沉降过程的分析。为实现自动化沉降监测数据的沉降过程分析和稳定性判定,论文基于变点理论改进了STARS(Sequential
目的观察针灸联合盆骶肌电刺激(PFES)治疗脊髓损伤(SCI)后患者排尿功能障碍的疗效。方法采用随机数字表法将40例SCI术后排尿功能障碍患者分为对照组及治疗组,每组20例。2组患
考察了压差式双釜凝聚的温度及压力、分散剂的种类及用量、体系pH值对低顺式聚丁二烯橡胶(LCBR)性能的影响,并与三釜凝聚的工业装置参数进行了对比,研究了挤出机头模具的孔数、
针对目前专业化养老建筑及设施严重缺乏和城市化进程中大量的旧建筑急需转型的现实问题,以深圳某酒店向绿色老年公寓转型改造设计为例,从建筑选址、功能转换、空间改造、形体
打城戏是闽南地区特有的古老剧种之一,其浓厚的宗教气息迥异于闽南其他剧种。然而,在与其他剧种竞争观众时,打城戏又掺入了许多民间世俗艺术因子,于是宗教与世俗在打城戏中达