水稻(Oryzasativa)是一种非常重要的农作物,并且是单子叶植物的模式生物。　　 亚洲栽培稻主要由籼稻和粳稻两个亚种组成。两个亚种在形态特征、农艺性状及生理生化上具有明显的差异,并且存在生殖隔离。弄清水稻的籼粳类型、分化程度及起源进化关系对于水稻品种的改进、籼粳杂交优势的利用具有重要的意义。目前,关于水稻籼粳鉴定、分化的研究主要集中在形态学、遗传学及同工酶和DNA分子上,而在蛋白质组水平却很少有研究。　　 本研究首次利用蛋白质组学的方法分析了12个籼稻品种和12个粳稻品种黄化幼苗的蛋白质表达情况,比较了幼苗期两个亚种的蛋白质组差异,发现了一个关键的差异蛋白质,其主要研究内容及结论如下:　　 1.适宜的蛋白质提取方法的选择　　 蛋白质提取是双向电泳中第一个关键步骤。采用了三种提取方法,即传统的TCA/丙酮沉淀法、改良的TCA/丙酮沉淀法及苯酚/甲醇醋酸铵沉淀法,发现酚提取方法的蛋白质产量及双向电泳凝胶图像的质量明显优于其它两种方法。本研究中所采用的酚提取方法中一系列有效的化学和物理操作能使其更有效的处理复杂样品。　　 2.水稻黄化幼苗蛋白质表达图谱的构建　　 使用双向电泳结合质谱技术构建了水稻黄化幼苗的蛋白质表达图谱。通过对鉴定结果的分析和筛选,选择了162个蛋白质作为表达谱的注释信息。将这些蛋白质按照功能分类后,对其中的一些主要高丰度蛋白在黄化苗的生长中可能具有的作用进行了讨论。该蛋白质表达图谱为分析籼稻和粳稻在幼苗期的蛋白质组特征打下了基础。　　 3.籼稻和粳稻的关键差异蛋白质　　 在完成了所有籼稻与粳稻的双向凝胶图像的比较后发现有一个特殊的蛋白点在籼稻中除了两个广亲和品种外(WCV)全都存在,而在所有的粳稻中(包括一个WCV)都没有出现该蛋白点。该蛋白可以作为区分籼稻和粳稻的蛋白marker。将该蛋白点命名为IRSP(IndicaRiceSpecific:Protein),经过质谱鉴定后为SALT蛋白。结合前人的相关研究,我们认为IRSP是由两个SALT蛋白或SAIT蛋白与糖分子结合形成的稳定复合物。　　 由于SALT蛋白已被证实与水稻抗盐胁迫有关,IRSP在籼稻中的特异性存在可能与籼稻的耐盐性强于粳稻有关。　　 考虑到特异性出现的蛋白质可能与水稻进化有关,结合SALT蛋白的功能以及广亲和水稻的特殊性,我们认为IRSP可能是籼粳分化的一个痕迹。