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首例双壳贝类感染疱疹样病毒粒子的案例于1972年发现于美国的美洲牡蛎(Crassostrea virginica),同时也是无脊椎动物感染疱疹样病毒粒子的首例报道。而疱疹病毒对双壳贝类的危害真正引起人们广泛关注,是上世纪90年代初以来,一种疱疹样病毒粒子导致的法国、西班牙、新西兰、美国和墨西哥等全球多个国家养殖长牡蛎,以及我国养殖栉孔扇贝夏季高温季节大规模死亡案例的发生。对分离自法国长牡蛎的病毒粒子进行全基因组测序和分析结果显示,该病毒为一种新的疱疹病毒,与已知感染脊椎动物的其他疱疹病毒亲缘关系较远。在国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Virus, ICTV)2012年发布的病毒分类报告中,该病毒被正式命名为牡蛎疱疹病毒(Ostreid herpesvirus 1, OsHV-1),并被分类在疱疹病毒目(Herpesviridae)、软体动物疱疹病毒科(Malacoherpesviridae)、牡蛎病毒属(Ostreavirus),是该病毒属迄今唯一病毒种。通过对引起我国北方沿海栉孔扇贝大规模死亡的急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus, AVNV)与OsHV-1的全基因组序列比对和分析结果显示,两者为同一种疱疹病毒。近年来的分子流行病学调查研究结果显示,牡蛎疱疹病毒自上世纪九十年代被首次发现以后,其发生了较强的株系分化,并伴随着其宿主范围和致病力等流行病学特征的改变。例如,2008年前后法国出现一种新的变异株(OsHV-1μ var),取代OsHV-1成为法国主要的致病病毒株。魁蚶(Scapharca broughtonii)是我国北方海区养殖的主要经济贝类之一。然而自2012年以来,山东半岛及辽宁多个贝类苗种场的魁蚶种贝出现大规模死亡现象,发病症状与之前牡蛎疱疹病毒导致的我国栉孔扇贝大规模死亡时的症状类似,主要包括：双壳闭合不全、外套膜萎缩、内脏团发白和行动迟缓等。经电镜、PCR检测后认为牡蛎疱疹病毒是引起魁蚶种贝大规模死亡的主要病原。对该病毒株部分基因组片段的初步测序结果显示,与OsHV-1和AVNV相比,其序列中存在较大的变异,是一种新的病毒株,命名为OsHV-1 CDSB2012株,简称OsHV-l-SB 。为在分子水平上研究牡蛎疱疹病毒的变化,本实验对OsHV-1-SB进行全基因组测序。根据已公布的OsHV-1全基因组序列(GenBank:AY509253)和AVNV全基因组序列(GenBank:GQ153938)设计PCR引物,运用PCR扩增和分子克隆等技术,获得了一系歹OsHV-1-SB序列的克隆,并且这些片段的末端相互重叠,经拼接后得到整个OsHV-1-SB的基因组。结果显示,OsHV-1-SB基因组全长199,354 bp, GC含量为38.5%。基因组的两个末端存在较大的反向重复序列(1-3,535和176,273-179,806,179,811-187,268和191,898-199,354),其基因组结构可表示为：TRL-UL-IRL-IRs-Us-TRS,符合疱疹病毒D型结构。预钡OsHV-1-SB基因组中含有123种开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)其中有8个ORF发生重复,全基因组共包含131个ORF,编码从71-1878个氨基酸残基大小不等的蛋白质。与GenBank数据库比对结果显示,部分ORF与病毒DNA的复制、核酸代谢、修饰以及病毒与宿主相互作用等有关。基因组中存在二十处大的片段插入与缺失(大于63bp),使ORF48. ORF50、 IR片段中的ORF5/ORF4、ORF115、IRs中的ORF117、TRs中的ORF117.IRS中的ORF122、 ORF123发生缺失。同时由于序列插入产生了三个新的开放阅读框(ORF125/126/127) 。除ORF70 (82%)和ORF114 (43%)由于突变造成与AVNV、OsHV1相应的ORF同源性较低外,其余ORF与AVNV、OsHV-1相应ORF的相似度在96%-100%之间。分别有96和94个OsHV-1-SB的ORF在大小、方向上与OsHV-1不AVNV应的ORF相同。这其中又有11个开放阅读框(ORFs 2,13,30,35,36,52,74,81,91,96和109)的核苷酸序列在三者中完全一致。由于碱基突变,十个ORF较OsHV-1、AVNV中对应ORF发生长度的变化。其中七个ORF (ORFs 3,4,9,12,37,70,120)的变化是由单碱基或连续两个碱基的变化造成的,三个ORF (ORFs 21,68,106)是由于短串联重复序列的重复次数差异造成的。用32个开放阅读框的序列构建系统进化树,可将10株牡蛎疱疹病毒株分为两个主要分支,分别包括OsHV-1μ Var及其相关变异株,以及OsHV-1-SB、AVNV与OsHV-1 。系统发育分析结果还显示,OsHV-1-SB与AVNV亲缘关系最近。自2013年6月至2014年7月用传统PCR方法对中国沿海6个省9个海区进行牡蛎疱疹病毒的流行性检测,发现栉孔扇贝的感染程度降低,而虾夷扇贝、香港巨牡蛎的感染程度增加。检测数据的积累为该疾病的快速诊断、分子流行病学调查、致病机理探讨以及预警监测提供基础。