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本论文采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对牙鲆Paralichthys olivaceus群体和夏鲆Paralichthys dentaus群体进行了种群鉴定和遗传结构分析。共用8对引物对两个群体(每个群体30个个体)进行了分析。总共产生了379个条带,条带大小在60-1000bp。牙鲆与夏鲆的遗传多态性分别为53.83%和22.22%。牙鲆群体的多态位点数显著低于夏鲆群体。牙鲆群体和夏鲆群体种的特异条带分别为27.3%和29.61%。两群体平均杂和度分别为0.0701和0.1556,香农氏多态指数分别为0.1044和0.2387。群体内平均遗传距离分别为0.0705 (0.0214到0.1377)和0.1656 (0.0629到0.2338),两群体间的平均遗传距离为0.6328。AFLP技术是进行种间群体结构分析的一个很好的分子标记方法,对牙鲆和夏鲆亲本群体进行遗传背景析为今后的杂交育种阐明种间杂交的遗传机理奠定基础。在本论文中我们采用5×8因子交配设计建立了牙鲆P. olivaceus(♀)×夏鲆P. dentaus(♂)杂交家系,对生长相关性状的遗传力进行分析。所有家系都混合养殖在同一养殖池中,40日龄,在养殖池中随机采集600个个体,测量体长,体宽,体重等数量性状;然后提取杂交子代DNA进行家系的鉴定。首先从牙鲆的微卫星中筛选了在牙鲆、夏鲆以及杂交子代扩增多态性较好的10对微卫星引物(Po1, Po13, Po20, Po35, Po42, Po48, Po56, Po58, Po91, Poli 23TUF)。我们采用了三对引物对600个个体进行了家系鉴定,共有400多个体鉴定出自己的亲本,成功率达到80%以上。基于以上结果我们认为微卫星标记可以做为一个有效的标记来代替现实的物理标记,并且可以在子代的早期进行亲本的鉴定。在养殖过程中,我们对自交和杂交家系生长状况进行了跟踪分析,在181日龄之前杂交鲆体长和体重均为未表现出杂种优势,杂种优势率值始终为负值,但是绝对值在逐渐减小。从196日龄之后杂交鲆杂种优势开始表现出来,并且在196日龄之后杂种优势率显著的增加。256日龄体长杂种优势率为14.29%,体重杂种优势率为59.78%, 271日龄体长杂种优势率达到27.36%,体重杂种优势率为102.32%。本研究对杂交鲆在40日龄的体长,体高、尾柄长、尾柄高,以及全长和体重的遗传力进行了估计,5个性状的体长半同胞遗传力h2S为0.00146-0.719,5个性状的全同胞遗传力h2D为0.00121-0.632,5个性状的半同胞和全同胞的平均遗传力h2SD为0.001335-0.6755。其中全长的遗传力最大。实验结果说明对早期幼鱼进行体长、体重等性状实施选育策略可能会显著影响后期杂交鲆的生长。