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DNA甲基化作为表观遗传修饰的主要形式,于无性繁殖物种来说,可以增加其适应环境变化的潜力,以弥补遗传变异的匮乏。然而,目前对于DNA甲基化的变异类型及其在多个世代间的可遗传性鲜有报道。本研究选取自然条件下的3个水生与3个陆生的喜旱莲子草(Alternanthera philoxeroides)种群作为实验材料,并选取对应个体的茎段带回同质园进行水陆交互移植,实验对照组则延续野外种群的生境栽培,共栽培两个无性世代,每个世代栽培8个月以上。运用AFLP和MSAP两种分子标记技术来分别检测喜早莲子草自然种群(GO)与自然种群(G0)、同质园第一代(G1)和同质园栽培第二代(G2)代种群的表观遗传变异格局,结果显示：(1)喜旱莲子草遗传变异极低,而表观遗传变异显著,表明表观遗传变异是独立于遗传变异的。野外采集的60个个体的AFLP分析显示,喜旱莲子草各种群平均多态位点仅占1.91%, Shannon多样性指数(I=0.010)、无偏期望杂合度(uHe=0.007)均趋近于0。对G0、G1、G2代的分子方差分析显示：各世代种群间与种群内均存在甲基化变异,且种群间的甲基化变异大于种群内。(2)基于位点的甲基化变化可划分为稳定遗传、可塑性与不一致位点,且各类型所占比例不同。稳定遗传位点为66%以上,可塑性位点在11%左右,不一致位点为15.73-16.56。其中,稳定遗传位点中陆生特有位点为20个,水生特有位点为53个；可塑性位点中G0≠G1=G2、G0=G1≠G2与G0=G2≠G1三种变异类型的划分统计均显示水陆互换栽培种群与对照种群的甲基化变异模式存在显著差异,表明水分因子诱导了DNA甲基化的变化。(3)随同质园栽培时间的延长,种群分化程度减弱。PCoA分析显示随着同质园栽培时间的增长,种群的分化程度减弱,且位点统计显示生境间差异位点逐渐减少,表明同质园条件能诱导不同种群的喜旱莲子草的表观遗传变异表现出“趋同”适应；与水分因子相比,同质园的大环境条件对表观遗传效应的“改造”更为突出。