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副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)属于危害较大的细菌性传染病之一,能够导致猪全身性的炎症反应,给养猪业造成不可逆转的经济损失。HPS还常常与其它病毒、细菌混合感染,从而增加疾病的防控和治疗难度。本实验室从2015年开始对辽宁省各大猪场的副猪嗜血杆菌病进行了流行病学调查,结果发现HPS是引起仔猪发病和死亡的重要因素之一,尤其在秋冬季节该病更是高发。对HPS血清型流行情况调查发现血清4、9、13型属于常见的血清型。为了能够深入了解HPS辽宁株的致病机制以及有效地防控该病,本研究将实验室保存的菌株YK1603(营口分离株,血清9型,弱毒株),XM1602(新民分离株,血清4型,中毒株),CY1201(朝阳分离株,血清13型,强毒株)复苏后,采用革兰氏染色、16SrDNA等方法对菌株和菌型进行了验证;随后,以YK1603辽宁株作为对照,对这三株不同毒力菌株进行了转录组测序分析并进行验证,将测序得到的显著性差异基因进行GO富集分析、KEGG通路富集分析,同时与VFDB数据库比对分析。另外,我们又对文献中报道的,但未在转录组测序中检测到的毒力相关基因进行了普通PCR鉴定,希望以此为HPS的致病机理以及筛选疫苗开发的靶基因提供基础数据。试验所得主要结论如下:1.转录组测序后共检测了2107个基因,YK1603与CY1201比较后显著性差异基因共有195个,其中71个基因上调,124个基因下调。YK1603与XM1602比较后的显著性差异基因共有705个,上调基因415个,下调基因290个,其余基因表达差异不显著。2.GO功能富集分析显示,YK1603与CY1201比较后差异基因富集在15个功能类别中;YK1603与XM1602比较后差异基因富集在27个功能类别中;提示这些功能富集可能与菌株产生的毒力相关。3.在KEGG pathway富集分析中,YK1603与CY1201的差异基因富集在34条通路中,其中有7条通路为显著性富集;而YK1603与XM1602的差异基因富集在64条通路中,其中有1条通路为显著性富集。4.将YK1603与CY1201、YK1603与XM1602比较的差异基因与VFDB数据库比对后发现,YK1603与CY1201的差异基因有6个比对成功,其中4个基因上调。2个基因下调;YK1603与XM1602的差异基因有18个比对成功,其中11个基因上调,7个基因下调。推测这些基因可能影响菌株的毒力,是后续研究的重点。5.通过普通PCR鉴定了30个毒力相关基因,发现三种不同毒力的HPS共有基因为23个。此外,不同毒力菌株包含的毒力相关基因有所差异,推测这些差异基因是导致菌株致病力不同的原因之一。