当前,我国经济从高速增长阶段向高质量发展迈进,自主创新能力是经济高质量发展的关键性要素。如何在国内外两方面同时提升我国的自主创新能力,成为新时代下经济发展的一个重要课题。从国外的影响因素看,FDI进入规模不断扩张,可能会给国内创新者带来先进的技术,也可能会给创新者造成负面竞争的冲击。从国内的影响因素看,加强知识产权保护也会对创新者经济利益产生影响,从而对自主创新产生影响。因此,本文将通过国内外的两个视角来探究影响我国自主创新的因素。本文研究了FDI竞争效应与知识产权保护对自主创新的影响,并探究了知识产权保护在其中发挥的调节作用。首先,阐述了FDI竞争效应与知识产权保护对自主创新的影响假设。然后将2000-2013年中国工业企业数据库、专利数据库、知识产权保护指数匹配在一起,通过实证回归分析得出了以下结论:（1）FDI带来不同程度的竞争效应会对国内企业自主创新产生不同的影响,适度竞争对自主创新带来促进作用,而过度竞争对自主创新带来抑制作用;（2）知识产权保护制度的加强有利于自主创新,并且知识产权保护制度正向调节FDI竞争效应对自主创新产生促进作用,并能减缓FDI过度竞争所带来的抑制作用;（3）分企业异质性发现,非国有企业自主创新更容易受到FDI过度竞争负面影响,而知识产权保护不能减缓国有企业受到的负面冲击;（4）分区域性异质发现,与东部相比,中西部企业自主创新更易受FDI过度竞争的负面影响,而知识产权保护作用不显著。最后,基于理论分析和实证结果,提出相应的政策建议:（1）理性看待外资规模,因地制宜地设定合理进入强度;（2）完善知识产权保护制度,对不同地区采取差异化保护;（3）营造公平的市场竞争环境,强化企业创新主体地位;（4）加大企业的研发支持,提升高水平自主创新。