降香黄檀隶属于豆科黄檀属，原产海南，是我国最为珍贵的红木树种，自明清以来就被用于制造各种高档红木家具和饰品。在木材市场中，降香黄檀高昂的市场价格诱使某些不法商贩以越南黄檀来冒充欺骗消费者。越南黄檀是降香黄檀的近缘种，原产越南。越南黄檀不属于红木树种，其市场价格也远远低于降香黄檀，但是二者在木材材质和物化性质方面十分相似，以致无法通过木材解剖、内含物化学成份检测甚至单片段DNA序列等方法对二者进行准确的木材鉴定。因此，降香黄檀和越南黄檀的木材鉴定既是红木鉴定领域亟待解决的难题，也是传统木材鉴定方法难以逾越的挑战，唯有研发新的技术和方法才可能有所突破。　　本研究利用二代测序技术对降香黄檀和越南黄檀各一个样品的完整质体基因组进行了测序和比较分析。降香黄檀和越南黄檀的质体基因组在编码基因的数量和组成上没有差异，均包含128个基因。二者总长度分别为156，049bp和156，090bp，相差41bp。分析发现降香黄檀和越南黄檀质体基因组间的序列分别包含有168个和162个简单重复序列(SSR)、31个和30个散在重复序列、13个和15个长串联重复序列。通过降香黄檀和越南黄檀质体基因组间相互比较获得包括85个插入缺失标记(Indel)和69个单核苷酸多态(SNP)分子标记。根据序列变异大小、变异类型和扩增的难易程度等特征，我们选取20个SNP位点和10个Indel位点，利用20个降香黄檀叶片样品和17个越南黄檀叶片样品建立标准DNA序列文库，并分别对这些位点的鉴定能力进行评价。发现其中6个SNP位点（位于psbA、atpI、ndhA和ycf1基因）和2个Indel位点（位于ndhK-ndhJ和trnG-UCC内含子区）具有种间特异性，能够将所有的降香黄檀和越南黄檀样品进行区分。利用这8个DNA序列文库，成功地鉴定了从市场上获得的2个降香黄檀木材样品和3个越南黄檀木材样品，这表明该标准DNA序列文库能够解决降香黄檀和越南黄檀的木材鉴定问题。　　本研究为利用质体全基因组信息对降香黄檀和越南黄檀的木材鉴定提供了新的技术和方法，具有较好的实用价值。