目前,我国规范刑事共同犯罪审理的立法中,确立了以合并为原则,分案为例外的案件处理方式。立法和刑诉学界所普遍关注的课题更注重于合并审理,而另案处理作为例外却少有关注。另案处理也即分开处理、分离处理、分案审理,其在不同的诉讼阶段有着不同的称谓,并且被大量适用于司法实践。深入系统地研究另案处理制度,既对完善我国刑事诉讼立法体系具有重大理论和现实意义,也对刑事司法实践具有较大的指导作用。从理论角度出发,另案处理有利于实现人权保障,促进司法公正,提高诉讼效益。从实践角度出发,另案处理有助于查清案件事实,解决管辖冲突问题,及时处理案件,避免案件过分拖延与积压。但是,另案处理在司法实践运行中却出现了诸多问题,同时也与其他诉讼制度存在冲突。不当的另案处理既严重侵犯当事人的诉讼权益,又会滋生出司法腐败的弊端,且给权力寻租提供了空间。决定权配置不合理、程序启动自由裁量空间较大、当事人表达机制不顺畅、实体判决差异化等一系列的问题,导致另案处理适用混乱、程序不规范,最终使另案处理制度偏离法治化轨道。另案处理制度是我国刑事案件处理方式的重要组成部分,对于我国另案处理制度之完善,既要考虑程序层面,又要注重实体层面。首先,健全另案处理程序是规范另案处理适用的前提。从决定权主体,适用标准,具体操作以及救济程序的角度,分别进行探讨与分析,从而进一步完善另案处理程序。其次,为保证实体判决的准确性,还原案件事实,理应确定以重新质证为原则,直接援引为例外的事实认定路径。再者,权力行使不能缺乏监督,当前仅有检察机关对公安机关另案处理的监督机制,而完善另案处理制度监督机制,有利于最大限度地发挥监督功能。不仅需要加强公权力机关内部监督,也不能忽视外部监督的力量,主要包括法院配合监督与公众监督。此外,现有二审的全面审查原则、另案后转化制度、附带民事诉讼制度与适用另案处理息息相关,亟需完善相关配套制度予以保障,以期另案处理回归其功能本位。