多倍化现象在高等植物进化中发挥重要作用,植物多倍化后衍生出大量的重复序列,它们是基因选择、进化和突变的有利资源,而大量序列的丢失和插入,也为植物进化提供了更多选择。多倍体的广泛存在归因于多倍体物种和其二倍体祖先相比具有更广泛的生存环境和不稳定气候条件下适应生存的潜能,使得多倍体作为重要的物种形成过程而具有选择优势。本试验运用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism, AFLP)和甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism, MSAP)技术,分析‘泸州6号’、‘龙泉1号’和‘早红3号’三种枇杷不同倍性多倍体之间的遗传差异和DNA甲基化水平与模式的差异,为枇杷不同倍性材料的开发利用和倍性育种工作提供理论依据,对枇杷乃至植物多倍化进程和遗传变异规律的研究具有重要的参考价值,试验主要结果如下：本试验AFLP分析结果显示,不同倍性‘泸州6号’枇杷多倍体较二倍体基因组发生了明显变化,总变异率在6%-6.5%之间,条带增加率在2.8%～3.3%,条带缺失率在3%-3.3%之间；与二倍体相比,‘龙泉1号’枇杷三倍体和四倍体基因组总变异率分别为11%和10.9%,条带增加率分别为7.2%和5.7%,条带缺失率分别为3.8%和5.2%。‘早红3号’枇杷三倍体和四倍体较二倍体基因组总变异率分别为12.1%和11%,条带增加率分别为6.9%和6.2%,条带缺失了为5.1%和4.8%。表明三个枇杷品种的多倍体在多倍化后基因组均发生了变异。MSAP分析试验结果表明,‘泸州6号’三倍体枇杷基因组总甲基化率为12.8%,高于二倍体,而‘泸州6号’四倍体利五倍体枇杷的总甲基化率分别为11%和12%,均低于二倍体；三倍体和四倍体全甲基化率分别为8.5%和8.1%,低于二倍体的9.1%,而五倍体全甲基化率为9.2%,高于二倍体。‘龙泉1号’三倍体总甲基化率为16.2%,高于四倍体的14.4%,高于二倍体的11.4%；‘龙泉1号’三倍体枇杷的全甲基化率(10.3%)高于四倍体(9.5%)高于二倍体(6.8%)。‘早红3号’枇杷三倍体的总甲基化率为15.3%,高于四倍体的13.1%和二倍体的12.2%；三倍体的全甲基化率最高,为11.6%,高于二倍体(8.5%),而四倍体的全甲基化率(7.9%)低于二倍体。‘泸州6号’、‘龙泉1号’、‘早红3号’三个枇杷品种,在比较它们不同倍性多倍体枇杷的甲基化水平时发现,三个品种的三倍体枇杷总甲基化水平均高于同品种的其他倍性,而四倍体或五倍体的总甲基化水平或高于二倍体或低于二倍体,并没有表现出随着倍性增加甲基化水平增加或减少的倍性效应。综合本文研究结果,认为枇杷多倍化过程中发生了一定程度的基因组DNA序列变异和甲基化水平与遗传模式的改变,且不同多倍体之间也存在序列差异；推测枇杷三倍体杂种优势的形成与基因组变异和DNA甲基化模式的重新调整尤其是大量过或超甲基化变异有关,但染色体加倍和DNA甲基化模式调整的程度对多倍体性状和表型改变有一定影响。