微生物也可以合成植物生长素吲哚乙酸（IAA）。研究表明,许多植物内生细菌可以通过合成生长素促进植物生长,影响植物的生长发育、健康和产量。筛选产IAA和具有植物生长促进作用的植物内生细菌,解析植物内生菌的促生机理及其在植物体内定殖、菌落建成的分析机制,为进一步理解植物-微生物之间的相互作用关系,改善农业生产实践中微生物肥料的促生效果,挖掘新的促生细菌资源以及为建立发展新型的可持续发展的现代生态农业生产系统奠定坚实的科学和理论基础。在前期工作的基础上,对实验室分离保存的番茄内生菌进行整理活化,经分子鉴定,最终共获得鉴定的番茄内生菌208株,分属于3个门、7个目、11个属、25个种,其中以厚壁菌门和变形菌门细菌为主,主要包括Bacillus（芽孢杆菌属）、Pseudomonas（假单胞菌属）和Enterobacter（肠杆菌属）等。以小麦种子为材料筛选具有促进植物生长能力的促生细菌。在筛选的208株番茄根内生菌中,共有55个细菌菌株（26.45%）对小麦发芽有较为明显的促生作用,其中mr₈9,cz23,cz30,cz34,cz35,cz36,cz67,B50,B51,B58,B60,B68,B70,B72,B75等菌株的促生活性最为明显,而有7株菌处理的小麦种子不发芽。共有20株细菌对植物根的伸长有明显促进作用;3株菌能明显促进植物整株株高（从根部到叶尖）的生长。结合先前的分子鉴定结果,筛选的植物生长促进细菌主要属于芽孢杆菌属和肠杆菌属。结果表明,植物内生菌是具有广泛而多样性的植物生长促进作用的细菌资源。进一步,筛选出的47株细菌在盆栽实验中也对植物根的发育、植物生长以及植株总重具有明显的促生效果。为了揭示植物根内生菌促生机理及其在根内的定殖机制,分别对分离细菌菌株的产IAA能力和纤维素酶木聚糖酶活性进行了测定。结果表明,在测试的208株番茄内生菌中,有136株细菌（65.38%）可以在含有色氨酸的培养基发酵产生IAA,经对比分析发现其中大多数是具有促生作用的菌株,同时也能够分泌植物生长素IAA,表明植物内生菌主要通过产生IAA促进植物生长。在酶活性检测中,有177株内生菌有明显的纤维素水解圈,约占总菌数的85.1%;有163株菌有明显的木聚糖水解圈,占总菌数的78.37%,表明大多数的植物内生菌具有明显的植物木质纤维素生物降解能力。在筛选植物促生细菌的基础上,通过高通量测序解析单菌侵染的植物根内微生物组的菌群结构组成推断测试的根内生菌是否可以在植物体内成功定殖并形成优势菌落。结果表明,在测试的55株细菌菌株中,有10株,Bac₉8、Ent₁30、Bac₆1、Bac₁17、Ent₉5、Bac₇9、Bac₇1、Bac₁33、Bac₉2、Ent₁89,主要为肠杆菌属和芽孢杆菌属细菌可以在番茄根内成功定殖并在根微生物中占绝对优势;14株细菌,Ste₂6、Ser₉9、Rhi₃3、Ent₁14、Pan₁20、Ent₂、Ent₃9、Ent₄、Ent₁29、Lys₁59、Ent₁5、Ent₁7、Bac₆4、Ach₄5等可以在根内检测到但是丰度很低。其余测试菌株对植物内生菌菌群没有明显影响。在盆栽条件下,检测的两个内生菌菌株均对根内生菌组成没有明显影响。结果表明不同的细菌菌株在植物根内定殖和菌落建成能力是明显不同的,一些根内生菌非优势种属细菌也具有在植物根组织内定殖和形成优势菌落的能力。植物根内生菌在侵染和定殖过程中起到关键作用的是纤维素酶。大多数测试的内生菌在酶活筛选中表现出了纤维素酶和木聚糖酶活性。从先前单菌侵染的平板实验中挑选4株在根内占绝对优势的细菌菌株侵染小麦根,收集并富集根内生菌,提取总RNA进行转录组测序和代谢途径分析。通过基于KEGG中的淀粉和蔗糖代谢通路分析发现,在4株菌中均检测到与降解植物细胞壁相关的纤维素酶类（α/β-葡萄糖苷酶）和果胶酯酶基因的表达。同时,在Bac₇3和Ent₁89中也检测到与依赖色氨酸的IAA生物合成途径相关基因的表达。对植物内生菌根内定殖和促生机理的分析为后续侵染机制以及植物益生菌剂的研究奠定理论基础。