培育高层次人才、发展科学技术与文化和推动社会的现代化发展是高等教育肩负着的重要战略任务。1999年以来,我国颁布各种文件来推动高等教育事业的向大众化发展,伴随着高等教育投入资源的持续增加,高等院校的规模随之扩大。但是高等教育资源是稀缺的,仅依靠扩大教育资源的投入不是提升高等院校效率的有效路径。高校的投入产出效率总体不高,区域之间发展差距大等现象仍旧存在。所以,通过在对高等院校投入产出效率的分析研究,找出高校投入资源在分配和使用中所存在的问题,剖析产生问题的深层次原因,这对于当下推动我国高等教育事业的内涵式发展、提升高等教育的办学质量有积极意义。本文先利用2015年全国94所高等院校相关统计数据,采用主成分分析法筛选相关指标,构建了94×3维的投入和94×4维产出指标体系;再通过DEA方法,对94所高校在综合效率、纯技术效率、规模效率和规模收益等方面进行了效率分析。并且,运用基于DEA的Malmquist指数法,就东部、中部和西部地区高校在2007-2015年的效率变动趋势进行比较分析,并分析其中原因。本文的估计结果表明:首先,部属高校的综合效率均值要低于地方高校,且大部分部属高校处于规模报酬递减阶段;其次,2007-2015年大部分省市高校的生产率处于上升的趋势,但中部地区高校的综合效率均值要高于东西部地区。综合效率变动指数以及技术进步变动指数均在东中西部三大区域之间均存在一定的差异,可以说,高校全要素生产率增长的主要原因可归结于技术进步因素的影响。最后针对实证得出的相关结论,从整合投入资源,合理资源配置,合理设置高校规模,发挥财政教育经费支出的导向作用,强化对教育经费支出绩效评价工作这几个方面提出了改进的建议和措施。