随着毒品犯罪的蔓延，最高人民法院、最高人民检察院和公安部等部门相继出台了一系列规范毒品犯罪的规范性文件，对如何认定行为人主观“明知”的方法提供了一些指引和依据。但是，这并没有从根本上解决问题。界定毒品犯罪中“明知”的内容是解决“明知”问题的前提。毒品犯罪中“明知”的内容主要分为两个方面，一是事实性的认识内容；二是违法性的认识内容。在毒品犯罪中，无论是立法上还是司法实践中均存在认定行为人“明知”的困惑。在立法规定上，列举式的规定已经无法满足司法实践的需要；在司法实践中，认定方法没有统一的标准，案件认定过度依赖口供等问题也亟待解决，特别是因为毒品犯罪的特殊性造成的证据单一性、即时性和易破坏性，更增加了打击毒品犯罪的难度。正因如此，司法实务中一般采用推定来解决这方面的认定困难。通过论证运用推定的可行性及作用证明如果无法直接用证据证明“明知”，则引入推定来认定“明知”是现阶段的最优选择。但推定毕竟是一种次优的认定方法，其本身的或然性决定了运用推定有可能会造成冤假错案。最后，本文将根据推定规则存在的不足，结合司法实践的现状，提出了运用推定应适用的五大原则，通过界定事实推定运用的范围，限制事实推定的随意性，并建议推广毒品案件专业审判庭，加强公检法间的司法协作。