浮游原生生物作为浮游真核微生物的主要组成成分,具有高度的物种多样性,同时也是海洋生产力的主要贡献者和生源要素循环的重要驱动者之一。纤毛虫作为特化程度最高的原生生物,能够快速适应周围环境的变化,并在浮游生态系统中发挥着独特的生态功能。近岸水体与人类活动密切相关,其中的原生生物会受到人为因素和自然因素的双重影响,从而表现出一定的群落组成和时空分布模式。然而莱州湾近岸水体的原生生物多样性以及群落组成和季节动态的相关信息仍为空白。本研究利用显微镜检的传统形态学方法与高通量测序相结合的手段,对烟台近岸环境的浮游原生生物和纤毛虫类群进行了周年生态调查。获得了该海域浮游原生生物和纤毛虫的多样性、群落组成以及季节变化的第一手资料,同时为深入研究温带半封闭海湾近岸浮游原生生物的长期变化规律以及对环境因子的响应机制提供本底资料。主要研究成果包括:（1）通过对环境DNA的18S r RNA基因的V4区进行高通量测序,结果显示浮游原生生物的主要的优势类群为囊泡类（Alveolata）、绿藻（Chlorophyta）和不等鞭毛类（Stramenopiles）,其中囊泡类中甲藻的物种多样性和相对丰度均占主导地位。浮游原生生物的群落组成呈现出明显的季节变化,物种多样性在冬季最高。无论是α多样性还是β多样性均显示出显著的季节分布模式,而无空间分布差异。冗余分析显示总有机碳和溶解氧含量是影响该近岸海域浮游原生生物群落的主要环境驱动因子。（2）浮游纤毛虫群落的高通量测序结果显示其主要优势类群是无壳寡毛类（40.14%）和砂壳类（10.67%）,其中寡毛类主要由急游虫和急游虫科未定类群（Strombidiidae＿X）组成,其相对丰度在冬季出现峰值。而砂壳类主要由砂壳目未定类群（Tintinnida＿XX）、拟铃虫属和网纹虫属组成,且在春夏季的相对丰度较高。浮游纤毛虫群落组成的时空变化均不显著,总有机碳和溶解氧含量是影响纤毛虫群落结构的主要环境驱动因子。码头站点砂壳类纤毛虫的多样性和相对丰度低于离岸站点,而码头站点的黏着壳种类出现频率较高,频繁的海浪冲击和人为扰动可能会影响优势纤毛虫种群的空间分布格局。利用显微镜检和单细胞18S测序的方法共检获鉴定了7属17种纤毛虫,包括拟铃虫属、类铃虫属、网纹虫属、真铃虫属、前口虫属、栉毛虫属和旋游虫属。其中,砂壳类纤毛虫的物种多样性和检获频率均最高。（3）由于近岸海淡水交汇时纤毛虫类群存在生境扩展的可能,且本研究中采集的海水类群在淡水亦有分布。对在一种耐低盐的淡水腹毛类纤毛虫进行了详细的形态学、发生学研究,揭示了特殊的细胞发生模式,为了纠正以往的错误鉴定和错误归属,建立了一个新属少棘单侧毛虫属（Monopleurotricha nov.gen.）。对少棘单侧毛虫的SSU r RNA基因进行的系统发育分析也支持了新属的建立。