《长江三角洲区域一体化发展规划纲要》明确了建设长三角生态绿色一体化发展示范区目标,要求打造生态友好一体化发展样板,破解生态发展矛盾,破解行政区划阻止发展的障碍。并且《长三角生态绿色一体化发展示范区总体方案》的发布为示范区整体的发展指引了较为具体的方向。然而长期以来,在长三角示范区地域内乃至于整个长三角地区环境监管的府际纠纷屡有发生。究其根本,是由于在此类跨域的特殊地理环境内,生态环境监管职责权限划分不明晰,导致监管主体间对监管区域、范围和职权存在争议。同时,环境治理工作往往也伴随地方府际博弈,使得府际协同合作参与环境治理难以保证绝对稳定、持续地开展下去。而该类纠纷在示范区内显得尤为集中,并体现出纠纷复杂程度深、纠纷后果影响大及纠纷典型意义强的特点。示范区内现有法律框架下对生态环境监管府际纠纷解决机制方面尚无清晰、完整的规定,导致生态环境监管府际监管权责纠纷问题的处理遇到障碍。在国家提出了改革生态环境监管体制的背景和示范区的高标准定位下,以往的纠纷解决方式无法满足示范区一体化建设的需要,因而鉴于跨域性环境治理府际关系的特殊性,确有必要以既有纠纷解决方案为基础,在制度层面亟需建立起系统性纠纷解决机制。关于这套系统性纠纷解决机制的建立,需要从该纠纷解决机制的衡量因素和基本要求两个方面出发。其中衡量因素包括经济、社会和行政这三个无法回避的因素,都应加以考虑。而基本要求是回应对未来纠纷解决机制的期待,不仅需要体现纠纷解决方式的多元性,同时兼顾结果公平与处理效率,而且要严格纠纷解决的程序性,最终体现示范效应。综合以上,本文从应然性的视角构建纠纷解决机制,总体遵循“从现有制度与实践中挖掘资源——适度展开制度建构”的指导思路,提出三类不同的纠纷解决方案,并借鉴前人提出的“解纷链”理论,明确“区域协商为主、上级协调为辅、司法解决补充”的次序,既充分考虑纠纷解决机制的衡量因素,又满足其基本要求,赋予各解决方式以应有的价值定位。在区域协商机制的建构部分,首先阐述了区域协商机制提出的理论依据和区域协商机制的优势和特点,分析了示范区环境监管府际纠纷区域协商机制区别于一般环境监管府际纠纷协商机制的特殊性,指出协同治理下的协商困境和示范区内多方参与区域协商的复杂性,强调了在进行区域协商的过程中,应当注意参与协商主体之间的专业部门对应性和层级对等性。为保证区域协商机制常态化运作,此处提出搭建协商平台的建议,在事前对生态环境监管权限分配不明或不合理的重点部门间建立沟通机制,作为未来顺利进入协商轨道的保障。上级主管部门调解机制的完善部分主要基于对现有体制制度资源的利用。首先对上级主管部门调解的概念和特征进行了解析,并根据示范区的特殊行政体制,将上级主管部门调解机制细分为示范区执行委员会调解机制和“青嘉吴”三地共同上级环境监管部门调解机制。其中在示范区执行委员会调解机制中,通过对国外区域水环境保护机构的研究,明晰了示范区执委会生态环境监管职责和示范区执行委员会调解的可行性。同时,还比较了两种上级调解方式各自的优势与不足,在适用次序上作了合理安排。本着多元化、创新性的纠纷解决思路,在文章最后一部分对示范区生态环境监管府际纠纷的解决机制做了大胆的探索。结合示范区制度创新的战略定位,分析了构建司法解决机制的必要性、制度可行性和终局性。吸纳域外国家府际纠纷解决的经验,总结前人的研究成果,试图在以上两种纠纷解决方式的基础上,进一步探索司法解决机制建立的可能性,并根据我国的行政诉讼模式和特点,对其实现的基本路径进行了设计。