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猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)是圆环病毒科中新发现的病毒,最早由美国学者在2016年母猪繁殖障碍的样品中检测到。该病毒基因组长为2.0kb,其编码Cap蛋白基因大小为645 bp,与PCV2 Cap蛋白基因的核苷酸同源性仅为58.2%~59.6%。临床调查研究发现PCV3可能与猪的皮炎肾病综合症、繁殖障碍及心脏和多系统炎症反应等疾病相关;因此,当前迫切需要对我国PCV3感染情况进行全面的分子流行病学调查,这对猪场PCV3相关疾病的防控十分重要。本研究根据PCV3 ORF2基因序列的保守区域设计了一对特异性引物,建立了PCV3 SYBR Green I荧光定量PCR检测方法。实验结果证明该检测方法的特异性高,与其它常见猪病毒基因组(如PCV2、CSFV、PRV、PRRSV、PPV等)均无交叉扩增曲线,溶解曲线波峰单一;灵敏性实验证明该方法的最低检测量为10~1拷贝/μL;组间和组内重复性实验结果的变异系数均小于3%;对临床病料样品的检测,验证了该方法对临床病料的检测具有良好的适用性,可以应用于临床上PCV3的检测与诊断。研究结果表明临床上PCV3的感染症状十分复杂,国内虽然报道了PCV3的感染,但是对临床上最易感染病原体的保育猪及产房仔猪,仍然缺少相应的PCV3流行病学数据。为认清国内保育猪群和产房仔猪中PCV3病原的流行特征及PCV3基因的变异规律等,我们开展了PCV3病原的分子流行病学调查。对本实验室从2016年至2018年间收集自广东、福建、江西、贵州、安徽五省的335份病料样品进行PCR检测,结果显示,PCV3阳性病料样品共57份,阳性率17%,而血清样品中PCV3阳性率为10.8%(4/37);其中,在保育猪病料样品中PCV3阳性率为22.7%,产房仔猪病料样品中PCV3阳性率为14.8%;进一步分析显示,PCV3猪场阳性率高达67.9%(19/28)。对阳性病料测序共获得了23株PCV3全长基因序列及6株ORF2基因序列。基因同源性分析表明本实验获得的全长序列与国内外已发表的标准参考序列同源性分别为97.4%~99.8%和98.9%~99.9%。ORF2基因的氨基酸序列比对分析发现,PCV3的Cap基因主要含有4个氨基酸易突变区域,分别是第5~10,20~27,98~104及146~150位点。基因进化树分析显示,PCV3与PCV2的遗传进化距离较远,分别位于进化树的不同分支上;遗传进化分析显示我国的PCV3毒株来源十分复杂,与世界不同地区的PCV3毒株序列具有很高的亲缘关系。本研究成功建立了一种操作方便、灵敏度高且成本低的荧光定量PCR检测方法用于PCV3疾病的准确诊断;同时PCV3的流行病学调查结果为日后PCV3病毒的基础研究及猪场PCV3相关疾病的防控奠定了理论基础。