2019年末突发的新型冠状病毒肺炎疫情席卷了全球,也给我国的经济社会带来了极大的改变和挑战。越来越多的人投资于购买医疗防护品,钟南山院士团队发表的关于中药治疗新冠有效的论文,更是让中药走向了国际。但与之相对,自从2016年“十三五”以来,我国医药制造业的发展趋势呈不断放缓的趋势,销售利润率逐年下降,在2018年竟出现了负增长。为应对突发疫情的影响,2020年成为医药行业大发展的伊始之年,为我们在困境中推进医疗行业发展升级提供了难得的机遇。企业的生存和发展与其税收负担水平是否合理息息相关,通过对医药制造企业的税负水平进行分析,有利于通过企业战略转型提高其科技创新能力,有利于使医药制造企业保存足够的留存收益,有利于我国医药制造业国际竞争力不断提升。这需要对我国医药制造业税负水平有一个较为清楚的认识。在总结之前学者研究的基础上,笔者从我国沪深四百多家医药制造业上市公司中,筛选出符合条件的255家企业,利用其年度财务报表的数据,从六个细分行业层面、以及东部、中部、西部和东北部四个区域层面,对其税收负担问题进行了研究。本文计算实际税负水平的方法是一种多期现金流量数据的计算方法。然后,通过六大细分行业间比较、四大区域间比较,以及影响因素计量分析,得出了本文研究的重要结论。第一,从医药制造业的六大子行业层面来看,其实际税负水平由高到低排序为,医药商业行业>中药行业>化学制药行业>医疗器械行业>生物制品行业>医疗服务行业,其中医药商业行业、中药行业高于医药制造业平均水平,不同子行业间实际税负差异较大。第二,从不同区域来看,其实际税负水平由高到低排序为,西部>中部>东北部>东部,不同地区间实际税负水平差异较大。第三,除以上的影响因素之外,上市企业的销售利润率和产权比率也会对我国医药制造上市公司的实际税收负担水平造成影响。另外,本文收集整理了美国、欧盟、日本发达国家医药行业相关财政税收政策。最后,本文针对前文分析所得出的问题和结论,并结合发达国家的相关经验,提出了系统性促进我国医药制造业发展的一系列相关政策建议,包括优化增值税的政策建议,优化所得税税收优惠的建议,提升税收征管水平的建议以及促进区域间均衡发展的建议。