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科研单位的管理，有着其一定的特殊性。中层管理干部是科研单位的中坚力量，他们是单位各项工作顺利运转的保障，发挥着举足轻重的作用。管理也是第一生产力。通过问卷调查和访谈，发现新疆农科院中层管理干部缺乏科学的激励机制。经过总结，发现新疆农科院管理干部存在承担责任与收入不相称、职业发展空间有限、心理倦怠等现实困境，这已严重制约了单位的发展。针对这些问题，本研究对管理干部所处环境和满意度构建模型进行分析，在此基础上，构建了科研单位管理干部的绩效考核体系和激励机制，并依此提出了完善科研单位管理干部激励体系的对策和建议。