面对大型工程投资决策中复杂多变的柔性影响因素，提出应在柔性理论指导下进行大型工程投资的柔性决策。大型工程投资决策问题的研究，不仅仅是方法的研究，更重要的是树立科学的理念。本文的核心就是如何应用柔性理论的理念研究大型工程投资决策问题，它关系到国民经济和社会发展转轨过程中有限资源是否能够得到合理的配置和有效利用的问题。在柔性理论、决策理论、协同学理论、和谐理论的基础上，详细研究了柔性决策理论。提出了柔性的7种内涵，并给出了柔性决策的特征。研究了柔性决策的原则、程序、方法体系以及其关键问题。在柔性决策理论的指导下，从系统角度，研究大型工程投资决策系统的要素、系统结构与功能。并对其决策系统进行了柔性辨析，提出了大型工程投资的柔性决策体系，包括大型工程投资柔性决策的准则、程序以及内容。针对大型工程投资决策主体复杂多变的特点，从决策组织结构的角度出发构建了面向柔性的松散式团队群集的柔性决策组织结构，并提出了相应的完善决策组织结构的措施。在大型工程投资方案的综合评价环节，借鉴金融学中的实物期权理论改进传统的经济评价投资决策方法，建立了基于实物期权的大型工程投资柔性决策模型。并在此基础上，运用交互式思想、变分方法，建立了针对大型工程投资多目标的交互式多目标投资方案决策模型。针对投资决策过程中的主体利益冲突问题，建立了大型工程投资的协商群决策柔性模型。结合河北省南水北调配套工程的实例进行实证分析，验证了大型工程投资柔性决策方法与机制的合理性与可行性，对于一般大型工程的投资决策具有重要的启示意义。