组蛋白翻译后修饰(Post-translational modifications，PTMs)使组蛋白的结构更为复杂，功能更为完善，作用更为专一，具有十分重要的生物学意义。了解细胞内组蛋白PTMs的变化规律，对于揭示疾病机制，以及发现新的生物标志物和药物靶标的具有重要的意义。然而由于细胞中组蛋白的PTMs种类繁多且动态范围广，导致其相关研究极具挑战性。当前生物质谱结合同位素标记的蛋白质组学技术在组蛋白修饰定量分析方面具有很大的潜力。　　 细胞中组蛋白的乙酰化修饰参与包括基因表达在内的多种细胞过程。研究表明组蛋白赖氨酸残基上的乙酰化的缺失或冗余与肿瘤细胞的形成和侵袭密切相关。组蛋白去乙酰化酶(HDAC)可催化去除组蛋白的乙酰化，是近年来肿瘤治疗研究的新型靶点，因此HDAC抑制剂已经成为一类新型的靶向抗癌药物。　　 第一部分工作，采用体内稳定同位素标记(stable isotope labeling by aminoacids in cell culture，SILAC)策略结合高分辨质谱技术，建立了组蛋白修饰的定量分析方法；定量分析了一种新的抗肿瘤药物Largazole对直肠癌细胞(HCT116)中组蛋白赖氨酸乙酰化水平的调控；鉴定了组蛋白其它修饰在Largazole作用下的变化规律。　　 诱导性多能干细胞(induced pluripotent stem cells，iPS)是通过体细胞重编程获得的具有胚胎干细胞(embryonic stem cells，ES)特性的多能干细胞，可以分化成任何组织和器官，因此iPS在再生医学和疾病机理等方面极具应用价值。然而，目前iPS技术仍然存在致癌性、效率低等一系列问题。有研究表明，组蛋白PTMs对干细胞的多能性维持以与自我更新具有重要意义。因此，研究iPS细胞与ES细胞在组蛋白PTMs上的异同点，可以为深入了解iPS细胞的表观遗传特征以及与ES细胞生物学差异提供一定的依据。　　 第二部分工作，针对干细胞的特点，采用体外化学同位素标记和LC-MS/MS技术结合，建立了不同来源干细胞组蛋白修饰的定量分析方法。在此基础上，结合生物信息学技术绘制出iPS和ES组蛋白的修饰图谱，鉴定了iPS细胞和ES细胞中组蛋白PTMs丰度的相似和差异，发现了干细胞中未见报道的丁酰化和巴豆酰化修饰。