广东省东莞市加工贸易的蓬勃发展为地方经济的腾飞做出了巨大贡献，成为当地主要的经济支柱，对加工贸易实施保税监管是东莞海关业务的重头戏，但企业快速通关与海关滞后的监管模式、作业模式之间的矛盾却日益突出，同时海关对加工贸易监管的实际效果并不理想，利用加工贸易渠道走私的形势严峻。面对挑战和机遇，全国各海关都对如何提高保税加工监管实际效能的研究探讨越来越重视，处在加工贸易监管前沿的东莞海关感到了改革的迫切压力。 同时，东莞海关保税加工监管业务部门存在工作效率不高、实际监管效能差、组织结构不合理等问题，在全国海关相同部门具有一定代表性，在对其进行业务流程再造研究的同时也为全国海关进行保税加工监管业务流程再造提供了理论和实践的有利基础，其思路和方法对其它困境的解决具有借鉴作用。 本文首先对选题的背景进行了回顾，分析了本论文研究意义，综述了国内外关于业务流程再造的定义、步骤、考评方法以及相应的在政府业务流程再造方面的研究成果。然后通过对东莞海关组织结构、业务概况的介绍以及业务流程、衔接流程和审批流程的分析，指出东莞海关保税加工监管业务流程存在的问题。其次对东莞海关保税加工监管业务流程再造的组织和实施进行研究。确定了再造目标是提高服务对象的满意度、提高工作效率、合理调配人力、提高实际监管效能。再造的基本原则是以流程为中心、坚持以人为本的团队式管理、以服务对象为导向，操作性原则是横向集成、纵向压缩、流程多样化、单点式接触工作对象、透明公开、效能优先。然后实施了推行“窗口作业”，消除非增值环节；完善决策支持，简化业务审批权限；实施组织结构重组，整合室内审批职能和下厂职能；利用科技手段，推行自动化监管的再造方案。最后选择了服务对象满意度、海关实际监管效能两个定性指标和通关效率、通关成本和审单质量三个定量指标来对再造方案实施绩效进行评估。