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通过构建大连湾(DL17)和辽东湾(ZD-LDW017)两个站点夏季海水的细菌16S rRNA文库及辽东湾和海参养殖池塘秋季海水的细菌16S rRNA文库,利用16S rRNA序列比对法,对四个站点海水细菌多样性进行了分析,为海水微生物资源调查和开发及海参的水产养殖提供有益的信息。结果表明这4个水域的细菌主要为非培养细菌(Uncultured bacterium)。每个海区分别随机选取了200个克隆进行酶切谱型分析和序列测定,共得到180个不同的DNA序列,其中大连湾51个序列,分别属于13种(属);辽东湾(夏季)53个序列,分别属于13种(属);辽东湾(秋季)37个序列,分别属于10种(属);海参池塘海水39个序列,分别属于12种(属)。这4个水域各自有不同的优势菌,在大连湾和辽东湾中没有检测到致病菌,研究结果表明大连湾和辽东湾海水细菌具有丰富的多样性;海参池塘海水中检测到3种与水产养殖相关的致病菌,分别为溶藻弧菌(Vibrio.alginolyticus)、副凝聚短状杆菌( Brachybacterium qaraconglomeratum)、巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)和涅斯捷连科氏菌(Nesterenkonia菌),因此控制刺参养殖环境和减少致病菌,对预防和保证刺参养殖生产具有重要作用。自2005年-2006年,连续3次从室内不同养殖时期的刺参附着基上分离优势异养细菌,以期探索刺参附着环境优势异养细菌结构与刺参发病的相关性。每次均分离出6株优势异养细菌,通过进一步对这6种优势菌株群体、个体培养特征观察、生理性状试验和16SrRNA基因序列同源性及系统发育分析表明,菌株0506-1与溶藻弧菌(Vibrio.alginolyticus)具有较高的相似性,菌株0506-2与副凝聚短状杆菌(Brachybacterium qaraconglomeratum)具有较高的相似性,菌株0506-3和0506-4具有相近的亲缘关系,两者均与Nesterenkonia sp.具有较高的相似性,菌株0506-5与巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)具有较高的相似性,菌株0506-6与涅斯捷连科氏菌(Nesterenkonia菌)的相似性为99%。经人工感染试验证明,这6株菌对刺参具有不同程度的致病性。药物敏感性试验结果表明,呋南妥因、新霉素和先锋孟多对这6种优势菌株均显示高度敏感性。