国家科技重大专项是指以国家的政策方针为指导,通过整合有限的资源、攻克关键技术等方式和手段,在既定的时间范围内完成的(特)大型工程项目,在我国实施科技兴国的道路上占据着重要的位置。但是经调查研究发现,在国家科技重大专项实施的过程当中,仍存在着诸如管理体制不畅,运行机制不活,组织基础难以有效形成,过程管理缺乏方法手段等一系列的问题,这些问题的存在近则影响重大专项实施的进程,远则影响国家的核心竞争力,因此国家科技重大专项的创新生态系统体系亟待建立,以保证专项项目的科研创新与科研产出。本课题以生态学,系统科学等相关理论作为研究基础,对国家科技重大专项的创新生态系统体系进行了深入探究,构建了重大专项项目创新生态系统的体系架构,提出了包括竞争共生机制、协同机制、共享机制等在内的系统运行机制,深入探究了国家科技重大专项创新生态系统的演化规律,最终选取重大专项的实例验证了创新生态系统组织间有效交互的体系,力争从生态系统的新视角探究提升我国国家科技重大专项科研创新能力的有效方法。