罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)，属长臂虾科(Palaemonidae)、沼虾属(Macrobrachium)，亦称白脚虾、马来西亚大虾、金钱虾、万氏对虾等，原产于印度太平洋地区，生活在各种类型的淡水或咸淡水水域，1976年由日本引进我国，是目前世界上养殖量最高的三大虾种之一，也是我国淡水甲壳类的主要养殖品种。但近些年，随着罗氏沼虾养殖面积的持续扩大，集约化程度的不断提高，病毒病也随之频发，给罗氏沼虾养殖带来了极大的威胁。到目前为止，报道过的感染罗氏沼虾的病毒有四种即白斑综合征病毒(WSSV)，罗氏沼虾野田村病毒(Macrobrachium Rosenbergii Nodavirus，MrNV)，可能作为MrNV卫星病毒或辅助病毒的极小病毒(extra small virus-like particles, XSV)，以及一种比较罕见的能感染罗氏沼虾肝胰腺上皮细胞的细小病毒样病毒(parvo-like virus)。2011年3月于浙江某罗氏沼虾育苗场采集了一批患病的罗氏沼虾幼体样本，经匀浆、0.45微米滤膜过滤、差速离心、DNase I和RNaseA处理，再提取可疑病毒核酸，用多重随机PCR和序列非依赖的单引物扩增(Sequence independent singleprimer amplification, SISPA)两种随机克隆技术分别对采集的患病幼体样本进行DNA和RNA的随即克隆和测序，用BLASTn进行测序结果分析，特异性检测可疑序列。通过多重随机PCR技术对可疑DNA病毒进行分析，共得到了22个测序结果，使用NCBI中的BLASTn在NR库中进行比对，其中14个克隆为载体，1个克隆测序结果无意义，2个克隆为细菌，3个克隆为罗氏沼虾基因组序列，2个可疑的低同源性序列，序列最短为45bp，最长为1135bp，平均长度为873bp。2个可疑病毒序列分别长597bp和1053bp。通过序列非依赖的单引物扩增(SISPA)技术对可疑RNA病毒进行分析，共得到48个可疑RNA提取物来源的克隆的插入片段的测序，测序得到的序列使用NCBI中的blastn功能，在NR库中进行比对，其中7个克隆为载体，17个克隆结果无意义，10个克隆为细菌．5个克隆为罗氏沼虾基因组序列或线粒体基因序列，2个克隆为病毒序列，7个为低同源性序列。测得的序列长度最短为71bp，最长为1167bp，平均长度为389bp。在测序得到的两段与病毒具有部分同源序列的克隆插入片段序列中，一段长551bp的克隆插入片段与西番莲属萎黄病毒(Passiflorachlorosis virus，PCV)序列有一定同源性，一段长441bp的克隆插入片段与轮状病毒(Rotavirus，RV)序列有一定同源性。根据这两段克隆插入片段序列设计引物对样品进行特异性鉴定的结果显示这些克隆插入片段序列确实是来源于采集的罗氏沼虾幼体样本。本文使用多重随机PCR技术和序列非依赖的单引物扩增技术，对罗氏沼虾幼体样本进行分析的结果说明，可以应用这两种随机克隆技术对罗氏沼虾进行可疑病毒的鉴定分析，对水产动物可疑病原的鉴定、流行病监控、养殖过程中病害的早期防治可起到重要的作用。