近年来，以第二代测序技术和全基因组SNPs分型芯片技术为代表的基因组学技术大力推动了肿瘤基因组学研究进展。基因组学研究使人们对癌症分子机制的认识发生了巨大改变。同时，肿瘤基因组学研究已成为鉴定治疗相关分子标记物，例如治疗靶标、预后分子标记物、分子分型标记物、耐药分子标记物等的重要手段。　　胃腺癌是发病率和死亡率均较高的一种恶性肿瘤，按解剖位置可分为贲门部胃腺癌(Gastric cardia adenocarcinoma，GCA)和非贲门部胃腺癌(Gastricnon-cardia adenocarcinoma，GNCA)两种亚型。CGA和GNCA在发病率、风险因子、预后等方面均有不同，但关于GCA和GNCA基因组变异的异同目前还没有大规模研究。为进一步研究驱动胃腺癌发生的基因组变异，提供新的胃腺癌潜在靶向治疗靶点及预后分子标记物，并为GNCA和GCA提供候选亚型特异分子标记物，我们利用全基因组SNP分型技术，对205例胃腺癌包括114例GCA和91例GNCA样本的拷贝数变异(copy number variation，CNV)进行分析。我们一共检测到50个区域在胃腺癌中频繁发生拷贝数变异，这些区域不仅包括CCNE1、MYC、KRAS、ERBB2、CDKN2A等已知与胃腺癌发生密切相关的基因，还包括一些在肿瘤尤其是胃腺癌中报道较少的基因，如TERT、MYB、ANO1、ARID5B和BRIP1。特别的是，组氨酸脱羧酶编码基因HDC在9.27％样本中发生缺失，该基因在胃酸分泌中扮演重要作用。拷贝数变异与临床数据的相关性分析结果表明，MACROD2缺失、PARK2缺失和11p11.2扩增与胃腺癌患者术后生存期显著相关。比较GCA和GNCA基因组拷贝数变异发现HDC缺失、BRIP1缺失和CCAR1缺失更频繁地在GNCA患者中发生，而12p11.1扩增更频繁地在GCA患者中发生。并且，对肿瘤基因组(The Cancer Genome Atlas，TCGA)计划的GCA和GNCA样本表达谱数据分析发现，相对于癌旁正常组织对照HDC基因在GNCA肿瘤组织中表达下调，而其在GCA肿瘤组织中表达与癌旁正常组织对照无显著差异，提示HDC基因缺失和低表达是GNCA特异性分子特征。此外，拷贝数变异与临床数据的相关性分析结果表明，KRAS和CD44扩增分别是GNCA和GCA特异预后分子标记物。　　肺癌是发病率和死亡率已均居于癌症前列的恶性肿瘤，其中约85％为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer，NSCLC)。以表皮生长因子受体(epidermalgrowth factor receptor，EGFR)为靶分子的激酶抑制剂(tyrosine receptor inhibitor，TKI)是非小细胞肺癌重要治疗手段。然而，治疗过程中大部分初始有效的患者都会产生耐药。因此，筛选NSCLC患者EGFR-TKI耐药相关分子标记物研究是肺癌靶向治疗研究重要内容，而目前已知机制仅解释约70％患者耐药原因。为进一步研究非小细胞肺癌EGFR-TKI耐药机制，我们通过对H1650细胞进行加药培养获得其耐药细胞系H1650GR并利用高通量测序和全基因组SNP分型芯片技术，对H1650和H1650GR细胞转录组和基因组变异进行分析，筛选与耐药相关的分子标记物。发现多个可能与H1650GR细胞耐药相关的因素:(1)已知与NSCLC耐药相关基因FOXM1在H1650GR细胞中表达上调;(2)在Gefitinib诱导的凋亡中扮演重要作用的p53信号通路在H1650GR细胞中被抑制，此通路中多个促凋亡基因表达下调而抑制凋亡基因表达上调;(3)大量免疫反应相关基因在H1650和H1650GR细胞中差异表达，其中干扰素信号通路被报道与肿瘤化疗耐受和放射耐受相关并在H1650GR细胞中显著活化，并且体外实验初步表明过表达干扰素关键节点IRF9基因的非小细胞肺癌细胞对gefitinib耐药性增强;(4)检测到多个H1650GR细胞特有的CNV和点突变，其是否与H1650GR细胞耐药相关需要进一步研究。