农业想要全面实现现代化和国际化,需发挥农业上市公司在农业市场化进程和产业结构升级中重要作用。但是,作为我国农业先进生产力的代表,农业上市公司在二十多年的发展过程中利润率较低的问题一直没有得到解决。因此研究影响农业上市企业经营利润差异的主要因素就具有十分重要的现实意义。本文以沪深两市A股主板上市的35家农业上市公司为研究样本,从企业层面影响与行业层面影响两方面选取指标,构建面板数据模型和多层线性模型研究影响我国农业上市公司利润率差异的内外部因素,得出企业层因素和行业层因素各自对企业利润率的影响情况,以及行业层因素对企业层因素与利润率之间的调节作用。本文首先通过理论的追溯将影响企业利润来源的因素分为企业内部因素和行业外部因素;其次从财务指标、宏观经济、产业产值三方面,对农业上市公司的整体现状做了定性研究,表明农业上市公司较全国上市公司而言经营状况较差的问题,并从宏观环境及行业层面进行分析,发现其利润率变化趋势与外部环境紧密相关;再次,根据“事物的发展受到内因和外因的双重影响”的思想,利用面板模型考察影响农业上市公司利润率的企业层因素;最后,引入多层线性模型计量行业层面因素对利润率的影响。面板模型从2010年-2014年我国农业上市公司的财务报表中选取了35家符合标准的农业上市公司作为样本,多层线性模型利用一年的截面数据,根据企业层数据和行业层数据的具有“嵌套关系”的特点对行业层因素如何影响企业层因素做了进一步的探索和分析。实证结果如下:企业内部因素是影响企业利润来源的主要因素,但是行业层面的影响也达到了11%左右,说明行业层因素对利润率的作用是不能忽视的。在企业层面,企业规模、技术投入、薪资结构、成长速度、市盈率、企业价值、政府补贴、股东性质对利润率影响不显著;负债水平、企业年龄、资本密集度、股东收益、产权比率、税收优惠、第一大股东持股比例、前五大股东持股比例对利润率影响显著。在行业层面,市场集中度影响不显著,进入壁垒、市场竞争、行业资本密集度、行业补贴率、技术密集度对利润率的影响显著。进一步研究表明,市场竞争程度会强化股东收益与利润率之间的正相关,行业补贴显著弱化产权比率和利润率之间的正相关,但会强化税收优惠与利润率的负相关,行业进入壁垒会显著弱化税收优惠与利润率之间的负相关,会强化产权比率与利润率之间的正相关。根据实证结果提出如下政策建议:首先,农业上市公司应该培养资源与技术优势;其次,合理利用政策优惠,政府的政策优惠要有的放矢;再次,应加强公司内部治理,改善高管激励计划,优化股权结构,调整资本结构,合理利用负债经营;最后,提高农业上市公司利润率还需要提高行业竞争水平,鼓励竞争,进而提高农业行业的进入壁垒,提高行业的集中度。